南丫島古稱舶寮洲，新石器時代晚期已有人居住。

唐宋時期，當時大食（阿拉伯）諸國東來通商，船舶抵達珠江口前，須碇泊舶寮洲，等候朝廷准許，再經屯門入廣州，或北上泉州、明州（寧波）等港口。

船員等候批示期間，登岸搭建寮棚暫住，中土人士稱外邦人為「番」、「蠻」、「獠」，寮棚被稱「舶獠/泊獠」。

明朝天順八年（1464年），《東莞縣志》卷一《山川》稱為「泊潦山」。

明萬曆二十三年（1595）《粵大記》、清雍正九年（1731）《廣東通志》，將「泊潦山」稱為「博寮」。

清朝乾隆初年，「博寮」已有姓周族人在島上耕種。

嘉慶十五年（1810年），英國東印度公司委託船長羅斯進行水文調查，羅斯編制的《澳門航道圖》，將舶寮洲稱為「藍麻」。

嘉慶二十四年（1819年），《新安縣志》稱為「薄寮村」。

清同治七年（1866年），意大利傳教士獲朗他尼繪製的《新安縣全圖》，將「薄寮村」稱為「博寮」。

1874年，香港島與九龍半島已成英國殖民地，「博寮」仍由清政府管轄。

港督堅尼地在任期間，港英已有擴大地域至新界及附近島嶼的打算。

1874年8月15日，一艘在香港註冊漁船，到「博寮」捕魚，清廷海軍指稱漁民侵犯國境，要沒收漁船，雙方發生衝突，中國水師開槍打傷三名漁民，漁民逃回香港。

8月底，香港立法局立法委員會議上，非官守議員羅威特，就三名漁民被打傷一事提出質疑。

港府輔政司答覆，關於漁民捕魚受傷一事，港督堅尼地徵詢過律政司意見，「博寮」與大嶼山不在港府管轄範圍，無從向清廷交涉。

駐港英國海陸軍人，向港督提出防衛香港計劃，宣稱香港島孤懸海中，如要作有效防衛，有擴大佔領四周各島嶼必要，英國政府向清廷提出拓展香港邊界要求。

1898年《中英展拓香港界址專條》，新界及「博寮」等二百三十六個鄰近島嶼，納入香港範圍，租給英國九十九年。

1930年，港島修建地下蓄水池，承建商到「博寮」大灣掘取海沙，工人發現大量陶器和金屬箭鏃。

1931年，香港大學解剖學蕭思雅教授、韓義理醫生、耶穌會司鐸范達賢碩士，在博寮洲一帶出土古代陶器，石刀，石斧、銅鑄戈矛等。
大多是漢朝以前文物，極有研究價值，一半陳列在華南總修院，一半陳列在香港利瑪竇寄宿舍。
范達賢寫成《香港博寮洲史前遺物發現記》，被認為是香港考古學的發端。

「博寮」形狀像「丫」字，位於香港南面，因此名為南丫島，逐漸取代原名「博寮」，「丫」字像英文大寫Y，南丫島的英文名又叫Y Island，1937年以英文lamma音譯為「林麻島」。

香港淪陷期間，「林麻島」改名「博寮島」，日軍強逼村民開鑿「神風洞」，即隱藏在海岸邊收藏停泊用的格納壕。

1944年中，太平洋戰爭末期，日本海軍開始設計開發，自殺式襲擊「震洋特攻快艇」（震洋艇），以三合板為船身，搭載豐田汽車引擎
船首配置炸藥。
發現敵方船隻時，「震洋艇」由駕駛員操縱，由「神風洞」滑出海面，駛向敵方船隻，以撞擊方式引爆炸藥自殺攻擊。
香港重光後，英軍把「震洋艇」全部炸毀。

戰後，博寮島恢復為南丫島。
1947年，港府有意在南丫島深灣，興建新機場，取代啟德機場。

業餘爬蟲類與兩棲類動物學家約翰·盧文，1952年在「神風洞」發現盧文氏樹蛙。

1957年，港府刊行的《香港、九龍及新界地名志》，並列南丫島與博寮洲兩個名字。

1964年11月2日，南丫北段鄉事委員會，向南約理民府建議，將南丫改名為南雅，不獲接納。

南丫島位於香港島西南面，面積約13.85平方公里，僅次大嶼山、香港島、赤鱲角，是香港第四大島嶼。

南丫島東西兩邊均為海峽，東面東博寮海峽面對香港島南區，西博寮海峽面對長洲，南面為南中國海，再南一點到達擔桿列島。

南丫島以山地居多，最高點為南面的山地塘，海拔三百五十三米，榕樹灣和索罟灣有一些平地，北面地勢較平坦、可用作耕地。

南丫島以陳、周、吳、方、曾等氏族為主，主要住在北面的榕樹灣及南面的索罟灣，以務農及捕魚為生。

南丫島有大小天后廟五座，鹿洲天后廟位於南丫島東邊鹿洲村村東海濱，建於清同治七年（1868年）。
屬三殿廟宇，正殿奉天后娘娘，左邊為慈母殿、右邊為真君殿，廟內設有清同治年間製的銅鐘和香案。

索罟灣天后宮位於索罟灣村村口，曾被燒毀，廟內置有清朝的聚寶盆和古鐘。

南丫島只有索罟灣一地舉行太平清醮，地點在天后宮前的廣場，每四年一次，時間在農曆三月廿二日。

醮會由南丫南鄉事委員會主辦，規模不大，歷時兩天，沒有搭棚演戲，打醮目的除酬神，還有祭幽，旨在保佑社區，免受不潔之物傷害。

索罟灣居民在天后宮旁豎立一座大士王紙紮像，附近插旛杆，象徵召喚遊魂野鬼到來分衣施食，醮會保留水上人習俗，包括乘船出海祭水幽和「過關」，寓意去除不同災劫。

榕樹灣天后古廟創建年份不詳，廟內有清光緒二年（1877年），宣統二年（1910年）所刻木匾。

1960年，村民集資重修天后廟。
1965年，天后廟重修落成，適逢內地文化大革命，未能在內地製作石獅。
南丫島一位石匠，專為南洋富翁雕刻西式石獅，村民請他雕琢廟前石獅守護天后廟。
傳統石獅是直式正方形，守在門口時面朝廟外，西式獅子是橫臥長方形，兩獅橫放在廟門，變成獅口相對，成為榕樹灣天后古廟特色之一。

澳仔村的天后廟是海邊一間白牆紅頂小屋，供奉紅衣天后像，旁邊伴有觀音像。

東澳的天后廟日久失修，已經荒廢，目前仍留有一個石碑。

1962年，南丫島中部索罟灣碼頭落成啟用，船運航線增加，吸引本地及外籍人士，前來島上觀光和居住，南丫島成為中西文化融合的海島。
1964年，南丫島北部榕樹灣碼頭落成啟用。

1966年，當局在南丫島興建警崗，座落洪聖爺灣一座小山山頂，警崗天台可眺望南丫島北部全境，監視西博寮海峽航運情況。

12月20日，助理警務處處長莫禮信主持揭幕，警崗負起自然死亡登記功能，授權主管人員簽發死亡證明書。

七十年代香港經濟起飛，年輕的南丫島居民搬出香港謀生，南丫島一如其他鄉村，剩下年長一輩。

港府為開拓更多石料來源，1977年7月刊憲，宣布設立南丫石礦場，合約期為十年。

石礦場由法國寶嘉建築（香港寶嘉建築），與一家公司（Enterrrises Audemard）合營，1981年6月19日開業。
不久，瑞安建業收購南丫石礦場，一直營運至1993年。

1993年後，瑞安與政府簽訂修復協議，1995年起展開綠化修復工程。
2002年，石礦場結束營運。

2011年2月，發展局局長林鄭月娥，公布年度賣地計劃，其中包括索罟灣在內的石礦場用地。

2014年3月10日，香港政府修訂南丫石礦場土地未來用途，總面積接近六十公頃，其中二十公頃以上土地，興建私人及資助房屋，可容納十萬人口，同時發展旅遊和康樂設施，如度假酒店、室外康樂、水上運動中心等。

1978年，香港電燈有限公司，在南丫島西北部波羅咀，填海造地十萬五千平方米，建立南丫發電廠取代已停用的鴨脷洲發電廠，是南丫島上最大的工業，發電廠三支煙囪成為南丫島地標。

發電廠外籍工程師搬到南丫島榕樹灣一帶聚居，區內出現一些西式茶座、餐廳，島上中西文化交匯。

1979年，載有大量越南難民的船隻「天運號」，在南丫島對出西博寮海峽停泊超過三個月。
3月11日，約一百名船民跳下「天運號」，約五十人游到南丫島洪聖爺灣泳灘，被警方扣押在南丫警崗。

1990年，香港中文大學與廣州中山大學，聯合發掘南丫島大灣遺址，發現了十座相當於中原商時期墓葬，其中六號墓出土的牙璋，被文物專家譽為國寶。

南丫島沙浦舊村發現的文物，相當於中原夏商、西周、春秋、唐宋時期。
蘆鬚城發現唐代灰窯群遺址，灰窯群直徑兩至三米，燒貝殼、珊瑚、蠔殼等為灰，至宋代停用，證明南丫島在唐代已有相當規模的聚落。

1997年香港回歸，外籍人士在香港工作需要簽證，南丫島部份外籍人士遷離。

位於南部的深灣，面對南中國海，曾出土新石器至明清時代文物，是香港唯一全球瀕危綠海龜產卵地點。

1999年，深灣列為具特殊科學價值地點(SSSI)，港府將深灣沙灘劃為限制地區。
每年6月1日至10月31日綠海龜繁殖季節，除特定工作人員，禁止其他人進入深灣海灘區域以免造成破壞。
2021年4月1日，限制地區由沙灘延伸至鄰接綠海龜繁殖水域。

南丫風采發電站位於大嶺，由香港電燈耗資一千五百萬元興建，是香港第一臺具商業規模的風力發電站。
2006年2月23日正式啟用，由洪聖爺海灘步行三十分鐘就可到達。

2008年5月25日，南丫島三條生態旅遊徑啟用，分別位於南丫島南、北、中部，長短不一，步行時間由個半至三小時不等。
香港電燈公司與長春社合作在島上開發，增進市民對南丫島的歷史，文化及自然生態的認識。

南丫島漁民文化村建於索罟灣養魚區，面積約二千平方米的漁排上，場內展館陳列漁民昔日生活照片和用具，介紹香港原居漁民傳統文化和捕魚業發展歷程。

2012年10月1日晚上八時二十三分，南丫島北角村西北對出海面，香港電燈的客船南丫四號（Lamma 4），被港九小輪的海泰號（Sea Smooth）撞沉。
兩艘船上一百二十四名乘客與三名船員墮海，釀成三十九死九十二傷，為自從1971年佛山號翻沉事故以來最嚴重海難。

位於南丫島模達灣以東的厓頭，1979年，富商「貨櫃大王」林良成，以元朗九塊地及南丫島兩塊地，補地價四萬九千元，與政府換取臨海地段佔地4.9萬平方呎，建有別墅、網球場、泳池、巨型鳥籠等。

2018年9月，林良成斥6,987萬元補地價，樓面地價約1,426元。

11月，林良成以4.1987億元，售出南丫島模達灣住宅地皮，買家為寶悅環球（香港）有限公司，2018年6月8日註冊，董事為張靖雯。

2022年1月，南丫島石排灣沙灘，發現長約八十九厘米年幼江豚，屍體擱淺狀況屬中度腐爛，為本年度第三宗。