崇寧三年（1103年），鄧氏遷居岑田(錦田)。
1360年，鄧洪儀在錦田出生，(入粵後鄧族十五世祖)（錦田開基祖），娶張氏育有三子，名欽、鎮、銳。
明洪武乙丑年（1385年），鄧洪儀弟弟鄧洪贄出生（廈村開基祖）。

洪武二十六年（1393年），鄧洪贄與何真（東莞伯）弟弟何迪女兒訂親。

二月，錦衣衛指揮蔣瓛指控藍玉謀反，朱元璋五月初一日頒布《逆臣錄》，列名《逆臣錄》的有一公、十三侯、二伯，包括：涼國公藍玉、東莞伯何榮。

何榮父親何真受誅連，何真的弟弟何迪怕禍及己身，遁入海島後被擒，鄧洪贄是何迪準女婿，受到株連，被朝廷判充軍遼東黑龍江。

鄧洪贄當時只有八歲，鄧洪儀(33歲)怕鄧洪贄於充軍途中遭遇不測，冒名代弟充軍黑龍江，成為鄧族《代弟戍邊》故事。

充軍前，鄧洪儀安排鄧洪贄遷往厦村，與同一曾祖父兄弟所生的堂弟鄧洪惠同行。

（厦村鄉鄧族後人奉洪贄、洪惠二公為開基祖，供奉於厦村鄧氏宗祠，堂號「友恭堂」，是兄友弟恭的意思）。

三年戍邊期滿，鄧洪儀獲准回鄉，途中滯留江南，一貧如洗，題詩布地求乞。

陳姓富翁賞識鄧洪儀，聘請他做家塾教師，其後與陳氏養女黃氏成婚。
1407年，兒子鄧鋗（音圈）出生。
1410年，鄧洪儀病逝，黃氏帶同兒子鄧鋗及鄧洪儀骨灰返回錦田歸宗。

錦田八鄉近石崗觀音山西北山麓，位於大霧山觀音山龍脈帶，朝向整個錦田平原，像一位觀音大土身影，配合兩旁山勢，形態似觀音坐蓮。

鄧洪儀葬在南宋國師厲伯韶所點的荷葉踎龜穴（被譽為香港十大名穴之一），位於錦田桂角山東坑嶺一個小丘下，小丘名「太山」，正是太祖山的意思。

1411年，鄧鋗（4歲）逝世，黃氏以兒子生不逢辰，痛不欲生。
1426年，鄧洪儀三名兒子合資，於觀音山麓建「凌雲靜室」，讓黃氏奉佛靜修，供奉鄧洪儀木製神主牌位。

明宣德年 (1435年)，「凌雲靜室」改為觀音菩薩道場，又名「觀音山庵」。

清朝道光二年（1822年），滌塵法師重修「凌雲靜室」，更名「凌雲寺」。

1859年，妙參出生。
1875年，妙參考中秀才 (16歲)。
1878年，妙參於羅浮山寶積寺(延祥寺) 出家。
1880年，妙參於南京寶華山隆昌寺受具足戒。
1883年，妙參返羅浮山重興延祥寺，闢作十方叢林。

光緒元年（1875年），圓空任凌雲寺住持。
光緒五年（1879年）到順德任大良寶林寺方丈，淨園接任凌雲寺住持。
光緒二十五年（1899年），淨園到羅浮山任華首臺方丈，凌雲寺沒有住持。

1890年始，凌雲寺無住持打理，之後二十餘年間無人維護管理，寺址荒廢。

鄧伯裘是錦田鄧洪儀一房第二十六世祖，是少數通曉英文的錦田人。

1899年，英國接管新界，新界抗英六日戰爭時，強行拆去吉慶圍鐵閘，鄧伯裘向港府極力爭取。(鐵閘終於在1925年送還重置)

鄧伯裘於元朗新墟開辦「泰祥油廠」，成為元朗區首富，現時元朗泰祥街以「泰祥油廠」為名。

1910年，凌雲寺歸鄉紳鄧伯裘管理，鄧伯裘把凌雲寺闢建為渡假別墅，偶爾遊山賞景時到凌雲寺渡宿，間中招呼到新界觀光的政府賓客。

1911年，辛亥革命期間土匪猖獗，社會動盪，不少人由內地逃難到香港。
士丹頓街是車伕和佛門庵、寺、館的集中地，又稱師姑街，街中十三號是佛堂「永善庵」，庵堂前身是孫中山成立的興中會「乾亨行」。

妙參法師應黃慧清居士邀請，從羅浮山南下香港，暫息中環士丹頓街十四號延祥寺。

黃慧清居士與勞居士（勞居士是清未瀚林太史勞肇光妹妹），邀請妙參法師重興凌雲寺，重建法會，弘揚聖教。

妙參到觀音山，見門庭破落，發心修復，會同徒眾斬荊修葺，妙參募資購地，鄧伯裘捐出觀音山凌雲寺及附近土地。
凌雲寺擴建寺門，圍籬築牆，山門前開鑿蓮花池，建由磚頭砌成的小橋「普渡橋」，寺側建禪堂大樓、地藏殿、鐘樓。

1913年，妙參發願辦女衆叢林，將凌雲寺化爲十方道埸，助理輔政司金文泰贊助修葺寺地。
妙參依照鎮江金山寺律儀，晨、昏二課，聚衆於禪堂坐香談禪，餘下時間念佛靜修，寺內經常開講經教。

1914年，妙參繞蓮花池畔種竹林，名紫竹林。
1915年，黃慧清居士及勞居士請為剃度，黃慧清法名觀修，勞居士法名智修。

1917年，寺中繞荷池植荷修竹成林，荷池正對隱蓮堂，禪堂銅鐘鑄於1917年仲秋。

1918年，右禪堂大樓募修完成，可容百餘眾，善信聞妙參之道而慕師者甚多。

同年冬天，凌雲寺設十方女眾叢林，接納尼眾，妙參為住持，是為香港第一間佛教十方女叢林。

1919年，凌雲寺百步左邊建地藏殿，殿上有藏經樓，後有鐘樓，內有觀音閣、藏經樓、睡佛，屋內懸掛一口千斤大鐘。
工程完成後，諸山長老齊集凌雲寺，開香港傳戒先河。

寺院屋少人多，在附近築精舍，名為圓通寺，成為十方男眾叢林。

凌雲寺大雄寶殿由東莞陳初勝建造，當中佛像三尊，莊嚴精妙，銅鐘為乾隆年置。
建築物包括韋馱殿、甘露門、法堂、客堂、齋五觀堂、大寮、宿舍。
1924年12月，工程完成，普渡橋重建，橋旁有黃燕庭所作碑記。

妙參在觀音山凌雲寺，設紫竹林、隱蓮堂、圓通寺、建甘露門等。
甘露門門聯：「湧出西方千葉寶，遠承南海一枝春」，非常配合觀音山的觀音坐蓮法相。

1925年，凌雲寺重建完工，進行開光大典，妙參撰重修觀音山凌雲寺碑記。

1928年三月，妙參患腦疾，觀修法師任住持。
1929年，妙參往廣州北門如來庵借地方圓寂。
1930年，智修法師任住持，喜修任都監，兩名比丘尼在寺旁成立戒堂，接受寶華山戒法，改凌雲寺爲律寺。

1933年，智修與喜修在凌雲寺左邊地藏殿，創凌雲女子佛學社，是香港第一所女子佛學社，以學院形式招女眾研習佛學，前後籌辦兩屆。
佛學社旁有一間面積百多呎小房間，供出家人閉關修行。

經歷二次大戰的戰火洗禮，凌雲女子佛學社，只剩下破舊磚牆。

香港大三古剎：杯渡寺（青山寺）、靈渡寺、凌雲寺。
杯渡寺、靈渡寺已改由在家人管理，只有凌雲寺仍是出家人潛修念佛道場，由出家女眾管理。

1972年，劉善與媳婦陳佩韶及數名年幼孫兒，經常到訪凌雲寺。
凌雲寺司理見他們是虔誠善信及家境清貧，口頭准許他們在部分屬於寺方土地居留，向政府申請更改土地用途，令他們可建屋居住，繼任的司理其後繼續准許他們佔用該地。

1977年起，劉新鳳經常到訪凌雲寺，當時的司理見劉新鳳虔誠和家境清貧，准許劉新鳳與家人在部分屬於寺方的土地居住，為他們向政府申請建屋。

劉善及劉新鳳經濟能力其後獲得大幅改善，2002年開始，凌雲寺向兩戶人家收租。

2006年，住持釋慧皆率徒眾重修凌雲寺完成，九月初八舉行「諸佛菩薩聖像開光盛典」。

2014年，釋慧皆任住持四十年後退居。
3月5日，釋衍悌正式接任，舉辦「第十八代住持晉山典禮」。

現時的凌雲寺，已看不到當年凌雲靜室㾗跡，只有寺外一塊重修碑誌算是古物，寺內大雄寶殿，懸掛的數幅牌匾，從中可看到二十年代元朗社會鄉紳人物名稱。

凌雲寺牌坊沿樓梯上去，寺前門上石匾寫甘露門，建於癸卯年（1963）。

甘露門頂部裝飾二龍爭珠雕刻，由古道誠設計、梁天鵬雕作（古道誠是誠興建築公司東主），甘露門前花園擺設羅漢雕像。

凌雲寺庭院，寺前低處是蓮花池，池中央有小橋及觀音像，造型是觀音三十三種化身中的「灑水觀音」。
一般灑水觀音會手持楊柳枝，凌雲寺這尊觀音法相以右手持說法印代替。

凌雲寺正門外有涼亭及香爐，外牆立面塑造灰磚效果，門頂橫匾凌雲寺。

凌雲寺大雄寶殿，正門於平日鎖上，重要節日才開放。
正面供奉彌勒尊佛，背後為韋馱菩薩，大殿內供奉觀世音菩薩，三方佛從右至左是東方淨琉璃世界的藥師佛、娑婆世界的釋迦牟尼佛、西方極樂世界的阿彌陀佛。

大寶佛旁有油燈塔，牆上懸有牌匾，架起一口掃上紅色油漆的洪鐘。
大雄寶殿兩側，分別有禪房、客房、齋堂等，禪房中另有古鐘一口。

大雄寶殿十八羅漢圖之上，掛有「名山佛境」金漆牌匾，對面是「恩光普照」牌匾，是民國十四年夏元朗合益公司紳董送贈，紀念凌雲寺大雄寶殿落成。

大雄寶殿樑上掛有一幅「大雄寶殿」牌匾，刻有「香港」、「鳳鳴」印章，製作精緻。

凌雲寺飯堂有木魚及雲板，雲板於1919年所造，一般用作召集齋膳。

2013年，凌雲寺現任司理，要求兩個居於凌雲寺土地的住戶交還土地，兩個家庭都不肯交回。

2016年3月11日，釋圓慧及釋衍悌，以凌雲寺現任司理身份入稟高院，控告兩個家庭侵佔凌雲寺土地，三名被告依次是劉善、陳佩韶、劉新鳳。

被告說，寺方每次續租約都會加租，每年租金由最初三萬元加至最後十二萬元，第六份租約於2013年底屆滿，寺方沒有再與他們續租約。
陳佩韶其後撤出部分原先佔用土地，但仍佔用一些屬於寺方土地。

6月12日，代表劉新鳳的律師指出，劉新鳳聲稱自六十年代初已佔用涉案土地，將以逆權侵佔為由提出反申索。

2017年，住持釋衍悌及陳煒文博士，成立非牟利機構凌雲寺基金有限公司。

2020年9月5日，著名多棲藝人譚炳文，因肺癌離世，享年八十六歲。
9月15日，譚炳文女兒譚淑瑩到凌雲寺祈福。