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至正二十三年（1363年）二月，張士誠遣呂珍圍攻安豐，殺劉福通。
朱元璋前往救援，打敗呂珍，迎韓林兒到滁州。

陳友諒率六十萬水軍進攻朱元璋，朱元璋以水軍二十萬親征，是為「鄱陽湖之戰」。
陳友諒自恃巨艦出戰，採用炮攻，差點捕獲朱元璋。

朱元璋採納郭興建議，利用東北風改用火攻，陳友諒部隊大量受損。
朱元璋利用鄱陽湖，水位降低便於小舟活動，改為分兵水路圍攻陳友諒。

陳友諒突圍時起霧，從船艙探頭出看，中流箭而死，漢軍潰敗，朱元璋圍攻武昌，盡佔湖北各地。

陳友諒死後，張定邊等人在武昌立陳友諒次子陳理登基為帝，改元德壽。

孛羅帖木兒（孛羅）是靠鎮壓農民起義起家的軍閥，與割據陝西的擴廓帖木兒（擴廓），因地盤紛爭兵戎相見。
皇太子支持擴廓，元順帝袒護孛羅未能成功，被逼削去孛羅官爵，孛羅極為不滿。

奇氏原是高麗王國進貢的「貢女」，來到元順帝後宮做捧茶宮女，皇后欽察氏答納失里嫉妒奇氏年輕貌美，時常藉故鞭打她。

欽察氏家族造反，皇后失去地位，遭到毒殺。
元順帝原想敕立奇氏為后，權臣伯顏反對，要求元順帝依祖制挑選弘吉刺氏為后，順帝立弘吉剌‧伯顏忽都（伯顏忽都）為皇后。

奇氏為母憑子貴鞏固後宮地位，使盡渾身解數爭取侍寢機會，生下兒子愛猷識理達臘。
伯顏忽都所生兒子，兩歲時早殤，奇氏順利取得後宮實際領導地位。

伯顏忽都在四十二歲去世，奇氏成了元順帝第三任皇后，兒子有機會成為元朝皇帝，奇氏家族在高麗雞犬升天，囂張跋扈到威脅高麗王。

奇皇后與太監樸不花同為高麗幸州人士，彼此互通有無，以美女珠寶賄賂朝中大臣，形成「后黨」，與元順帝的「帝黨」彼此競爭。

皇太子與母親奇氏加緊策劃逼元順帝禪位。
掌握大權的搠思監和樸不花密切配合，拉攏朝中大臣，將軍政大事全都壓下，不讓元順帝聞知。

至正二十四年（1364年），朱元璋西吳軍廖永忠部兵臨武昌城下，陳理出降。

皇太子想要殺死元順帝舅舅老的沙，老的沙與知樞密院事禿堅帖木兒（禿堅）逃到大同，藏匿在孛羅軍營。
老的沙投奔孛羅後，皇太子屢次派人索要，孛羅拒絕交出。

皇太子指責孛羅與老的沙等圖謀不軌，要求元順帝驅逐孛羅。
元順帝孤立無援，向皇太子妥協，下詔削除孛羅兵權和官爵，貶居四川。

宗王不顔帖木兒（不顔）、禿堅忿忿不平，與孛羅聯合，上書元順帝，為孛羅申辯。
元順帝認為孛羅忠於自己，是他與皇太子一方抗衡的重要砝碼，頒下詔書，歴數搠思監、樸不花恣意弄權，欺下蒙上等罪狀，將搠思監流放嶺北，樸不花流放甘肅，恢復孛羅官職。
皇太子勢力已凌駕元順帝之上，詔書雖下，搠思監、樸不花兩人權位毫髮無損，仍在朝中掌權。

皇太子再次下令擴廓進討孛羅，孛羅怒殺搠思監、樸不花二人，留下部份軍隊守衞大同，自己帶禿堅、老的沙，率領主力大軍直撲大都，揚言要盡除朝中奸臣。
京城大震，皇太子親自率軍迎戰，鎩羽而歸，在白瑣住軍隊護衞下，匆匆逃往太原擴廓軍中。

孛羅擁兵入城，偕同禿堅、老的沙面見元順帝。
元順帝任命孛羅為中書左丞相，老的沙為中書平章政事，禿堅為御史大夫。
不久，提升孛羅為中書右丞相，節制天下軍馬，總攬國家大權。

孛羅上任後，旋即殺了元順帝寵幸的「倚納」（玩物）和近臣，驅逐西番僧人，幽禁奇氏。

至正二十五年三月，皇太子下令擴廓與李思齊出兵聲討孛羅，調遣嶺北、甘肅、遼陽、陝西等地軍隊增援。
孛羅派遣禿堅率兵進討上都皇太子同黨，調兵南下抵禦擴廓軍隊。

孛羅荒淫無度，數月內共納四十多「倚納」為妾，與老的沙等人終日飲酒作樂，甚至酗酒殺人。
群臣對孛羅心懷恐懼，元順帝失去信任。
七月，元順帝下密旨，命伯顔達兒等勇士斫死孛羅，雖然保住皇位，卻失去自己統治的砥柱中流。

至正二十八年正月初四日（1368年1月23日），朱元璋在應天府建立明朝，統一中國南方，責令北伐，徐達率領軍隊逼近大都。

徐達私下向朱元璋請示，元順帝一旦潛逃，是否該趁勝追擊？
朱元璋僅說，將其趕到塞外即可。

閏七月二十八日（1368年9月10日），徐達率領軍隊逼近大都，元順帝夜半開大都的健德門北奔，率太子愛猷識理答臘、后妃、臣僚等離開大都。

八月初二日（1368年9月14日），明朝軍隊從大都的齊化門攻城。
八月初四日（1368年9月16日），左右大臣勸元順帝趕緊出逃避難。

元順帝善觀天象，知道自己不會遭到傷害，對大臣說：「不要多言，有福者任其自來，我又何必逃避？」

至正二十九年六月十三日（1369年7月16日），明軍逼近上都，元順帝再次觀察天象，知道元朝大勢已去，天命不再，準備離開中原。
左右大臣都勸堅守京師，等待援軍，元順帝搖搖頭說不行，當天率領大隊人馬，離開元大都，返回到蒙古，將繁華都城留給朱元璋。

六月十七日（1369年7月20日），明軍將領常遇春殺死元朝廷的監國淮王，名正言順佔領元大都。

徐達一路北上直取元上都，故意放走元順帝，開平王常遇春非常不滿，向朱元璋打小報告，朱元璋只點頭表示知道。

元順帝退回到蒙古，仍沿用元朝國號，史稱北元，汗號是「烏哈篤汗」，這個稱號是明智的意思，順從天意才是最明智的。

元順帝至正三十年、明太祖洪武三年四月二十八日（1370年5月23日），元順帝因痢疾崩於應昌，享年五十一歲。
死後得廟號惠宗，蒙古語稱「烏哈噶圖汗」。

《元史》記載，朱元璋認為元順帝棄城舉動是「知順天命，退避而去」，勉強算是元朝與明朝「和平交接」，元順帝「順天應人」，上諡號順皇帝。

至正三十年五月十六日（1370年6月10日），明軍將領李文忠攻克應昌，愛猷識理達臘逃往和林延續北元，繼續與明朝對抗，史稱元昭宗，1371年改元宣光。

唐朝《推背圖》第二十五像，戊子艮下巽上 漸
以圖讖和頌語預言七百年後出現的元朝。
圖是一柄斧頭，斧柄有十節。
元太祖成吉思汗名諱為「鐵木真」。（斧子是鐵頭木柄）

讖曰：
北帝南臣，一兀自立。
斡難河水，燕巢捕䴰。

頌曰：
鼎足爭雄事本奇，一狼二鼠判須臾。
北關鎖鑰雖牢固，子子孫孫五五宜。

頌語稱「子子孫孫五五宜」，五五為十，忽必烈建元朝後傳十帝，十位皇帝後退出中原。

金聖歎：「此象主元太祖稱帝斡難河，太祖名鐵木真，元代凡十主。斧鐵也，柄木也，斧柄十段即隱十主之意。」

宋朝邵雍《梅花詩》記載：天地相乘數一原，忽逢甲子又興元。年華二八乾坤改，看盡殘花總不言。

從1279年宋朝滅亡算起，1368年元順帝退出中原，共約八十八年，應了「年華二八乾坤改」。
元順帝時，宦官撲不花扣壓警訊奏章，不上報天子，撲不花是為「殘花」，不上報天子是「總不言」。

明成祖朱棣定鼎北京後，收穫元朝歷代帝王畫像，閒來無事一張張翻看，翻到元順帝時，見到此公「面目清癯似太醫」，大感驚詫：「他怎麼不像元朝列帝而像宋朝列帝？」
飽讀詩書的著名相術大師袁忠，從故紙堆翻出《庚申外史》，告訴明成祖：「這沒啥奇怪的，元順帝本來就是宋恭帝兒子，有一半漢人血統，他母親也不是蒙古人。」

《庚申外史》記載，宋度宗咸淳十年（1274年），年僅四歲的趙㬎即位，是為宋恭帝。
不及兩年，元軍攻克臨安，趙㬎被俘北上見忽必烈，成了元朝封授的瀛國公。

元至元二十五年（1288年），元廷遣送年方十八的瀛國公，至「吐蕃」(西藏)十字寺學習佛法。
元延祐七年（1320年），元朝趙王到十字寺遊玩，見瀛國公年老孤苦，送回回女子罕祿魯邁來迪（邁來迪）給瀛國公為妻，誕下妥懽帖睦爾。
元朝周王（元明宗）路過十字寺，看到妥懽帖睦爾十分喜愛，收為養子，邁來迪納為小妾。

《元史》記載，元明宗到漠北一帶出遊，遇見邁來迪，納為妃後產下元順帝。

元文宗為立自己的兒子為皇太子，散播兄長元明宗在位時，經常説妥懽帖睦爾不是自己親兒子。
元順帝登基後，下詔指責元文宗誣陷自己。

元末佛家史籍《佛祖歷代通載》，記 載瀛國公於1323年被元英宗賜死。
明初一些筆記小説，記載一首詩：「寄語林和靖，梅開幾度花？黃金台上客，無復得還家。」

十五世紀後期黃瑜的《雙槐歲鈔》記載，瀛國公與兒子出家為僧，都因聚眾演説佛法被殺。

瀛國公遠赴西藏後的境況，不為漢人細知，正好為好事者提供附會空間。

元順帝是瀛國公兒子一說，最早出現於明初權衡《庚申外史》，及後見之不少野史、筆記以至詩詠。
各種細節愈見紛歧，大抵不脫元明宗奪瀛國公妻子生下「遺腹子」元順
帝的主綫。
從相關人物生卒年和排比來看，這幾乎是無可能的。

明清時期仍有不少文人學者，對此傳説信而不疑。

清人趙翼《廿二史剳記》，評議有關宋、元興亡時，認為「報應之説固屬渺茫」，但「君子觀於此，不能不信天道之有徴也」。

至元二年（1336年），元順帝在增訂元仁宗年間監察法規《風憲宏綱》基礎上，將有關御史台的典章制度彙編為《憲台通紀》。

元順帝命中書平章政事阿吉剌根據《大元通制》編定條格，命翰林學士承旨腆哈、奎章閣學士崾崾等刪修《大元通制》。
至正五年（1345年）十一月，《大元通制》書成，右丞相阿魯圖等入奏，請元順帝賜名《至正條格》。

2002年，韓國慶州發現元刊殘本《至正條格》，包括條格十二卷、斷例近十三卷，以及斷例全部三十卷的目錄。條格存三百七十四條，斷例存四百二十六條，總數共計八百條。