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義熙七年（411年），盧循敗逃廣州後，敗於沈田子等人，在龍編被交州刺史杜慧度擊敗，投水自盡。
劉裕班師回到建康，受太尉、中書監職位。

義熙八年（412年）四月，劉裕以劉毅為荊州刺史。

劉裕不擅文才，劉毅在宴會中特地賦詩：「六國多雄士，正始出風流」，展示文學造詣勝過劉裕。
劉裕書法亦差，被劉穆之規勸，在劉穆之指示下改寫大字。

劉毅自以能力不亞於劉裕，不服在劉裕之下，得朝中有名望人士歸心交結，遷鎮荊州時將大部分豫州府屬及江州萬多軍隊都帶去荊州，到任後重新調度荊州郡縣首長，以患病為由請堂弟劉藩做副手。

劉裕知劉毅有異心，假意答允請求，乘劉藩自兗州治所廣陵入朝時，指稱他與謝混圖謀不軌，賜死兩人，率軍自建康出發討伐劉毅。

劉裕派王鎮惡為前鋒，沿路聲言是劉藩部隊，騙倒各戍和民眾，直至江陵城外五六里時才被發現，趕在劉毅關閉城門前率兵入城，在城內作戰。
城中民眾得知劉裕率軍前來都十分驚恐，劉毅不敵王鎮惡，出逃後於牛牧寺自殺。
劉裕隨後來到江陵，誅殺劉毅親信郗僧施，消滅劉毅勢力。

劉裕征劉毅時，以諸葛長民留守府事，諸葛長民見劉毅敗死，深感不安，意圖作亂。
劉裕回建康時故意拖慢進度，等待迎接的諸葛長民及其他官員，接連幾日都等不到劉裕。

劉裕乘輕舟進城，進入官邸東府。諸葛長民知道劉裕突然回來，到府拜訪。
劉裕暗中命壯士丁旿埋伏，故意與諸葛長民閒話家常，乘諸葛長民警覺性下降時，命丁旿殺死諸葛長民，誅殺諸葛長民弟弟諸葛黎民等人。

劉裕加鎮西將軍、豫州刺史，接掌諸葛長民原職。
年底，劉裕清除京口武將中的異己勢力後，發動晉滅譙蜀之戰。

劉裕以晉宗室司馬休之接任荊州刺史。
司馬休之頗得當地人心，劉裕懷疑他想自立。

義熙九年（413年），劉裕西征主將朱齡石成功滅譙蜀，劉裕加授羽葆、鼓吹及班劍二十人。

劉裕削奪世族及皇室私產，用來資濟人民，將東晉皇后所有，用來資助化妝品開銷的臨沂、湖熟田地，分配給窮人。

義熙十年（414年），劉裕上表請求減輕徭役，讓百姓休養生息。

司馬休之兒子司馬文思，在建康招集輕俠，劉裕十分厭惡。
司馬文思被揭發殺害官吏被捕，劉裕誅殺黨眾，免司馬文思死，送給司馬休之親自教誨，實質是要處死。
司馬休之沒有殺司馬文思，上表廢掉司馬文思譙王爵位，寫信向劉裕道歉。
劉裕大感不滿，命江州刺史孟懷玉戒備，準備先下手為強。

義熙十一年（415年），劉裕殺死司馬休之在建康的次子司馬文寶及侄兒司馬文祖，出兵討伐司馬休之，自加黃鉞，領荊州刺史。
司馬休之上表劉裕罪狀，派兵抵抗。

雍州刺史魯宗之自感不被劉裕所容，與司馬休之聯結。
劉裕前鋒徐逵之初戰敗於魯軌，眾將除蒯恩外皆戰死，劉裕大怒。

劉裕率軍到時，魯軌及司馬文思在懸岸峭壁上列陣，劉裕難以登岸，胡藩冒險攀登，司馬文思等不能抵擋，劉裕乘對方後撤機會登岸進攻，擊潰司馬休之軍隊，攻下江陵，司馬休之及魯宗之北投後秦。

劉裕消滅司馬休之後獲劍履上殿、入朝不趨、贊拜不名的崇禮。

義熙十二年（416年）正月，劉裕獲加領平北將軍、兗州刺史、都督南秦州諸軍事，一人都督二十二州。

魏晉十六國時期，東晉偏安江南，為收復中原等漢地北部地區，屢次發動北伐戰爭。

後秦文桓帝姚興病逝後內亂不斷，鎮守蒲阪和嶺北的姚懿、姚恢先後率叛軍進攻長安。
劉裕趁後秦內亂，乘機出兵，有人說琥珀能治療傷口，劉裕命人砸碎琥珀，分給將領作為治傷藥。

劉裕一舉攻滅後秦，收復中原版圖，是東晉歷次北伐中最成功、影響最深遠一次，以前多次北伐都無法與之比擬。

劉裕崇節儉，不愛珍寶，不喜豪華，宮中嬪妃也少。
平定關中後，劉裕得到後秦天王姚興姪女，十分寵愛。
臣下謝晦勸諫不要因女色荒廢政務，劉裕當晚將姚氏送出宮去。

劉裕患熱病，常常要有冰冷物件降溫，有人獻上石牀，劉裕認為木牀已很耗人力，大石頭磨成牀就更甚了，下令砸毀石牀。

十一月，留守建康的劉穆之去世，劉裕想以長安作基地，進攻西北北涼等國，諸將都思鄉，大多不想留下。
劉裕班師東歸，留下十一歲次子劉義真鎮守長安，王鎮惡、王脩、沈田子、毛德祖等將領協助。
當地人民知道劉裕要走都向他哭訴，希望他回心轉意，劉裕去意已決，十二月出發離開。

義熙十三年（417年），諸將內訌，沈田子殺王鎮惡，王脩殺沈田子，劉義真在諸將唆擺下命人殺害王脩。
關中大亂，夏國乘機進攻關中，劉裕召還劉義真，派朱齡石等代鎮長安，指令若關中不能守可放棄。
晉軍撤出長安，關中地區遭夏國佔領。

義熙十四年（418年），劉裕接受相國、總百揆、揚州牧的官職，以十郡建「宋國」，受封為宋公，接受九錫特殊禮待。

劉裕到京口竹林寺，獨自躺臥在寺內講堂。一眾僧人看見他上面有五色龍形物體出現，大感吃驚告知劉裕，劉裕十分高興起說：「僧人是不會說謊的。」

劉裕命令中書侍郎王韶之，與晉安帝左右侍從密謀以毒酒毒殺安帝，王韶之乘司馬德文因病出宮的機會下手，縊殺安帝。

劉裕相信預言書：「昌明（晉孝武帝）之後尚有二帝」，聲稱依照遺詔，立司馬德文為皇帝，即晉恭帝。

元熙元年（419年），劉裕進爵為宋王，加十郡增益宋國，宋國包括二十郡。
年末，劉裕獲加皇帝規格的十二旒冕、天子旌旗等一系列特殊禮待。

元熙二年（420年），劉裕入輔，傅亮知道劉裕想要晉恭帝禪讓帝位，但難於啓齒，代為向恭帝暗示。
六月，恭帝禪讓帝位給劉裕，東晉滅亡，劉裕即位為帝，改國號為「宋」，改元永初。

劉裕削弱強藩，集權中央，限制荊州州府置將和官吏數額。

劉裕不信神祇，登位後下令拆毀民間廟宇，只有先賢及有勳德的人的廟祠才得豁免。

劉裕下令所有逃避戶籍的人，只要在限期內自首就能獲赦，免去兩年租賦，但凡有黃籍或證明檔案的人，都可恢復原籍，減少國內藏匿人口。

宮府需要物資都要到市場採購，照價給錢，不得向人民徵調。
官員不可徵去人民車牛，不能以官威逼迫人民獻出車牛，減省繁多的交易稅項，便利市場商業交易。

永初二年（421年11月2日），劉裕為斬草除根，殺掉晉恭帝司馬德文，開啟前朝遜位之主不得善終先例。

劉裕稱帝後，將亡妻臧愛親神牌供入太廟為天子七廟之一，成為中國歷史上首個女廟主，此舉因不合禮法受到後世譏諷。

永初三年（422年），劉裕計劃征伐北魏，尚未出師患病，群臣上請祈求神祇庇佑，劉裕不接受，只派謝方明去太廟告知祖先。

五月，劉裕病重時遺命司空徐羨之、尚書僕射傅亮、領軍將軍謝晦、護軍將軍檀道濟四人為顧命大臣，輔助太子劉義符。

五月癸亥日（6月26日），劉裕去世，享年六十歲，留下遺詔，將臧愛親棺木從丹徒迎至南京，與他合葬。

劉裕意在死後得到太祖廟號，但未能如願，廟號為高祖，諡為武皇帝，葬在初寧陵。

初寧陵位於江蘇省南京市麒麟門外麒麟鋪，原有規模較大，內有寢殿和陵廟建築。
《宋書》記載：「自元嘉以來，每正月輿駕必謁初寧陵。」

陵園建築多毀於兵火，陵塚夷為平地，今僅存陵前神道兩旁的天祿和麒麟石雕。
天祿居東，殘缺不全，目嗔口張，昂首寬胸，五爪抓地，雙角已失，有鬚子和雙翼，翼呈鱗羽和長翎狀，捲曲如勾雲紋，極富裝飾意味。

麒居西，四足已失，體態與天祿對稱，僅頭略向後仰，獨角尖已殘斷，雙翼形狀與天祿相似。
兩尊石雕造型凝重、古樸，與漢代石雕刻風格一脈相承。

1988年，初寧陵石刻被確立為全國重點文物保護單位。

劉裕稱帝前，先後除掉六個帝王，分別是桓楚政權皇帝桓玄、南燕政權皇帝慕容超、譙蜀政權成都王譙縱、後秦政權皇帝姚泓、東晉皇帝司馬德宗、東晉皇帝司馬德文。
後人戲稱為「六位帝皇完」。

劉裕六個兒子都被殺，有人說是對應「六位帝皇完」。
長子劉義符：被顧命大臣所殺，年僅十九歲。
次子劉義真：被顧命大臣所殺，年僅十八歲。
三子劉義隆：太子劉劭率東宮衛隊闖宮弒殺，死時四十七歲。
四子劉義康：圖奪位被兄長劉義隆賜毒酒，最終被人用棉被捂死，死時四十三歲。
五子劉義恭：被劉義隆孫劉子業處死，屍體被支解，五臟被掏空，死時五十三歲。
六子劉義宣：率十萬兵起義作亂失敗，連同兒子與同黨全部被朱修之殺死，死時四十歲。