3月13日，陳文深解往觀塘法院提堂，被控於2011年10月6日，在牛頭角淘大花園E座某單位，謀殺女子秦嘉儀（33歲），同日同地防止合法埋葬秦嘉儀屍體。

控方透露，陳文深與警方十次會面，均無作出招認，現階段只靠環境證供起訴。

秦嘉儀屍體仍未尋回，陳文深沒作出招認，裁判官練錦鴻詢問控方：「咁點解告謀殺，有咩證據？」
控方回應指出，憑環境證供而提出起訴。

陳文深毋須答辯，裁判官將案押後至4月29日再訊，等候警方進一步調查及諮詢法律意見。
陳文深繼續收押看管，陳文深被收押後，辭去所有職務。

2015年7月30日，這宗無屍體、無法證、無招認、無指證，「四無」謀殺案在高等法院開審。
陳文深否認一項謀殺罪，遴選陪審團期間，曾抽出兩名女性，辯方律師都反對，最終選出七名男陪審員。

控方於開案陳詞指出，秦嘉儀於2011年10月5日返家後失蹤，強烈環境證供顯示，唯一合理推斷，是陳文深殺害秦嘉儀及非法處置屍體。

2015年7月31日，控方播放淘大花園閉路電視片段，顯示2011年10月7日早上，陳文深拖着藍白色尼龍袋離開案發單位，期間在電梯內不斷四處張望，

控方亦播出2011年10月10日，陳文深於辦公室三次致電秦嘉儀手機的錄音，錄音顯示每當陳文深打出電話，同時會有電話鈴聲響起。

2015年8月4日，控方傳召秦嘉儀兩名友人滑梅及黃肖蘭作供。
來自安徽省的滑梅說，2011年8月，秦嘉儀透露與陳文深鬧分手感到不開心。

黃肖蘭稱，2011年9月23日最後一次見秦嘉儀，秦嘉儀失蹤後她曾致電陳文深，陳文深表示已與秦嘉儀分手：「妳都知我哋分咗手啦，佢仲有啲嘢喺我度，我都想畀番佢。」

秦嘉儀好友周渼洛作供稱，秦嘉儀向她透露曾在深圳整容，包括隆胸、眼袋抽脂等，又說陳文深送贈勞力士名表及鑽石戒指給她。

陳志峰任職時裝設計師，是秦嘉儀鄰居，出庭作供供稱，他居住單位的窗戶，與秦嘉儀單位相距不足兩米，可看到秦嘉儀單位的客廳及廚房，他經常見到陳文深於晚上探望秦嘉儀。

2011年9至10月，約三次聽到秦嘉儀與該陳文深吵架。
兩三次晚上，見到秦嘉儀在單位內哭泣及喝酒，期間持續播放慘情歌曲約四小時。

2015年8月6日，淘大商場助理物業主任盧嘉良出庭作供。
辯方律師指出，最近到淘大花園E座通往停車場位置，其中一扇通往停車場的門未能成功鎖上，該處亦沒有閉路電視拍攝。

盧嘉良回應說，該扇門可通往的電梯，屬電梯工人維修其他電梯時專用，不會開放給公眾使用，防煙門去年曾更換，與案發時不相同。

2015年8月5日，控方盤問為案發單位「清場」的勞俊財，勞俊財承認曾油漆單位內部分牆身，但只是很少範圍。

辯方質疑勞俊財執屋時，使用陳文深留在單位內，約十二吋濶度保鮮紙，包裹家具、電器搬走。

勞俊財稱無印象在單位見過有保鮮紙，說當時使用自己的十八吋濶封箱膠紙，交給警方的涉案單位家具，使用的均為他的封箱膠紙。

陪審團在庭上，親自摸過該些封箱膠紙與保鮮紙的分別。

2015年8月6日，控方傳召臨床心理學家張佩瓊作供。
2011年10月4日晚上七時半，陳文深安排秦嘉儀到油麻地診所，接受一節為時五十分鐘心理輔導。

秦嘉儀稱因與陳文深鬧分手：「幾晚瞓唔到，覺得好傷心及好hurt」，借酒澆愁，兩個月瘦了「十幾斤」，經常發夢、飲酒、有自殘念頭。

秦嘉儀透露最初與陳文深的關係建基於金錢，後來感覺對方可依靠，認為自己可代替陳文深妻子位置。

秦嘉儀說，陳文深妻子半年前發現兩人關係，陳文深對她態度有變，秦嘉儀透露有自殺念頭。

陳文深妻子向秦嘉儀發手機短訊，最後演變成雙方罵戰，陳文深妻子罵秦嘉儀是「免費雞」。

張佩瓊認為秦嘉儀當時有嚴重抑鬱，無即時自殺危險，建議她看精神科醫生。

2015年8月14日，陪審團對陳文深自辯證供有疑問，透過法官向陳文深提問。

陳文深：從秦嘉儀單位帶走的尼龍袋，內有十數支紅酒。
陪審團：尼龍袋打橫放在手推車，拉鏈向外，紅酒會更容易打爛。
陳文深：尼籠袋中間有衣物及文件分隔紅酒，袋內最上層有鞋頂着，路途短及平坦，紅酒不會移位或打爛。

陳文深：2011年10月10日至12日，秦嘉儀發訊息到我的Nokia舊手機。2012年3月尾，收到重案組通知秦嘉儀失蹤，返家翻查舊電話短訊。2012年4月5日，用新Iphone4s拍下Nokia舊手機五個訊息。
陪審團：為何該些相片顯示訊息，是儲於舊手機的「我的文件」檔案內，而非儲於收件匣內。
陳文深：舊手機訊息太多，放在收件匣訊息會被清走，所以將訊息複製，儲於「我的文件」內。

陳文深：拍攝訊息時，舊手機無插入SIM卡。
陪審團：相片卻顯示舊手機有「3G」字樣。
陳文深：舊手機拆除SIM卡後再開機，會有一段時間看到「3G」字樣。

法官要求陳文深當庭用同款手機示範，陳文深最終未能成功。

2015年8月17日，控辯雙方結案陳詞。
控方指證據顯示，陳文深於案發當日殺害秦嘉儀及處理屍體，秦嘉儀不可能故意避開閉路電視及警報系統，離開大廈，從此消失，陳文深於案發後種種行為，顯示他要掩飾秦嘉儀已被殺死一事。

辯方指秦嘉儀有嚴重抑鬱，有可能離開單位後在香港某處跳崖自殺，或者循非法途徑返回內地。
控方指陳文深購買物品用作處理屍體，將屍體棄置於將軍澳堆填區，只是猜測。

秦嘉儀好友唐文蓮丈夫羅範良，2011年10月中，收到秦嘉儀來電，問候唐文蓮到四川探望父親病重情況，唐文蓮於10月7日到四川，秦嘉儀在10月中仍然在生。

2015年8月19日，七人全男班陪審團退庭商議僅兩小時，一致裁定陳文深謀殺罪名成立，暫委法官司徒冕依例判終身監禁。

法官判刑時表明，本案沒有屍體、沒有法證、沒有招認，如非案中淘大花園保安系統完備，陳文深恐怕早已消遙法外。

閉路電視記錄顯示，秦嘉儀案發前一日回到住所，之後沒被拍攝到離開，唯一可能是秦嘉儀在大廈內被殺，案發時到訪秦嘉儀單位的人，必然是兇手。

陪審團透過強烈環境證供，裁定陳文深謀殺罪成，殺人動機至今是謎。

法官說，本案有傳聞證供，秦嘉儀友人聽秦嘉儀說，陳文深知道很多股票內幕消息，令到秦嘉儀可賺大錢，當中可能涉及內幕交易。

控方在庭外解釋，傳聞證供指陳文深可令「毫子股」升價十倍，因只屬傳聞，控方從未列作證據。

警隊東九龍重案組總督察鍾志明指出，本案是香港開埠以來首宗，沒有屍體、沒有任何法證證據、沒有招認，單憑環境證供裁定謀殺罪成案件。

警方從拿到閉路電視片段起，花了兩年時間全面調查。
陳文深是案發當日唯一到訪單位的人，閉路電視片段顯示，陳文深翌日以大尼龍袋裝着屍體離開。

陳文深不服定罪提出上訴申請，理據是主審法官司徒冕引導陪審團時，沒有指出秦嘉儀沒有離開大廈有其他可能，例如藏屍在大廈某一地方，並非一定是陳文深所殺及將屍體移出大廈外，令陪審團沒有持平分析，對陳文深作出不利推論或推斷，基於「疑點利益歸於被告」，要求推翻原判。

2016年，陳文深妻子張逸怡表示，為讓兩名兒子可以過正常生活，讓她展開新生活，決定與陳文深離婚。

2016年6月13日，距秦嘉儀失蹤接近七年，資深大律師麥高義在高院上訴庭陳詞時指出，這案全賴環境證供入罪，可能存在不穩妥要素，要求上訴庭撒銷定罪及發還原訟法庭重審。

上訴庭三名法官需考慮上訴申請，宣布押後裁決。

2017年10月17日，秦嘉儀失蹤超過七年，無論是否找到屍體，法律上已列作死亡。

上訴庭法官宣判陳文深上訴得直，撤銷定罪，下令案件於二十八天內排期重審，陳文深於開審前承認誤殺罪，控方不接納。