大澳位於大嶼山西部，與澳門對岸而望，新石器時代開始已有人類聚居。

東晉隆安三年（399年），孫恩與妹夫盧循，藉五斗米道起兵反晉，孫恩兵敗投海自殺，盧循繼任首領。
元興三年（404）攻下廣州。
義熙七年（412）盧循起兵北上戰敗。

盧循在現今越南河內投紅河自盡，交州刺史杜慧度撈起盧循屍體並斬首，聯同其父盧嘏及李脫等人，共七個首級送呈首都建康。

盧循手下南逃到大奚山（大嶼山與香港島等島嶼合稱），被逐出海，在荒島用𧐢殼建屋居住。
後代漸變成半人半魚生物，被稱為盧亭人，在大嶼山大澳附近海域出沒。

唐昭宗時任廣州司馬的劉恂，著《嶺表錄異》記載：「盧亭者，盧循前據廣州既敗，餘黨奔入海島野居，惟食蠔蠣，疊殼為牆壁。」

北宋元豐元年（1078），宋廷於大奚山設立海南柵以產鹽，大澳鹽業開始蓬勃。

南宋慶元三年閏六月（1197年7-8月），廣東提舉茶鹽司徐安國，派員入大奚山緝拿私鹽。
當地島民挾持副彈壓（武官的一種）高登，推舉為首領，聚眾起事，與善水戰的盧亭人一度攻至廣州城下。
八月（9-10月），宋廷以錢之望任廣州知府。
十月（11-12月），錢之望調派福州延祥寨摧鋒水軍鎮壓，盡殺大奚山島民，事件平息，盧亭人倖存者成為今日蜑家人始祖。

南宋人寫的《嶺外代答》中《蜑蠻》記載：「廣州有蜑一種，名日盧亭，善水戰。」

南宋時期，畬（音蛇）族人已在大澳活動，大澳吉慶後街創龍社旁邊的石狗神壇，面積三呎乘兩呎，神壇中央豎立的狗石像，是畬族、輋族祖先「盤瓠」（「盤瓠」是葫蘆狗，傳說中的神犬），是香港少數供奉畬族信仰神物。
因風化關係，石狗只剩下半身手腳部分，2013年9月10日評為香港三級歷史建築物。

明朝弘治年間（1488年至1505年），關帝古廟在大澳落成，傳統嶺南廟宇建築，廟脊上石灣陶瓷雕塑，有說是楊家將造型，關帝廟旁邊，其後加建一座天后廟，關帝古廟現列為香港二級歷史建築。

正德十六年（1521年），佛朗機人（葡萄牙人），佔領大澳一帶興建補給據點，。被居民稱為番鬼塘。
明廷派廣東巡海道副使汪鋐驅逐葡萄牙人，史稱屯門海戰。

明朝末年，大澳漁業與鹽業已甚具規模，萬曆年間（1573年-1620年七月），南頭寨管轄六汛地，包括大嶼山大澳。

1637年探險家彼得·曼迪，在珠江口發現中華白海豚並首次記錄。
有傳中華白海豚由一部份盧亭人進化而成，在唐朝時已經在珠江口一帶出現。

漁民稱為「白鱀」(白忌)、「海豬」，「烏鱀」(烏忌)是海豚，「烏鱀」「白鱀」出現時，魚都四散而逃，因而成為漁民的「大忌」。

大澳有「五靈山」包括：獅山（322米）、虎山（75米）、象山（449米）、鳳山（339米）、牙鷹山（373米）（牙鷹中文學名是雀鷹）。

象山最高，牙鷹山與鳳山一脈相連，虎山「落於平陽」，與位於東側面的獅山，兩山之間有形如珍珠的小島寶珠潭，地勢上獅虎爭珠，虎處於下風。

大澳居民為化解獅虎爭珠，清康熙三十八年（1699年），在寶珠潭側建成楊侯古廟又稱侯王廟，紀念南宋名臣楊亮節。

廟外大門石聯刻上：擁鵲嶺以為屏靈鍾秀毓 控鳳山而作鎮物阜民康，只提到一脈相連的鵲嶺（牙鷹山）及鳳山。

建廟時鑄造洪鐘，另有純錫鑄造香案，廟內有一對於光緒三年以銅打造的對聯。
一塊在光緒十四年，居住於二涌棚漁民，敬送侯王爺的「藉賴恩光」牌匾。
漁民在廟內供奉鯨魚骨、舊龍船頭。
2017年10月，楊侯古廟列為一級法定古蹟。

乾隆年間，清廷着力發展鹽業，在大嶼山及大澳島之間築起堤圍，把大嶼山沿岸淺灘變成鹽田，鹽田約佔大澳三份二面積。

寶珠潭、新基村、坑尾溪、南涌都有鹽田，現今太平街及永安街，是當時闢建出來的護鹽圍，梁屋至永安街堤圍，成為鹽工聚居地方。

寬闊的海灣變成窄長河道大澳涌，將大澳從中一分為二。
居民設橫水渡木船，每次可載乘客三十人，早期以人手拿竹竿撑船，後期改用麻繩綁於兩岸用繩拉船，每程收費三個銅錢。

1898年，《展拓香港界址專條》，大澳稱作蜑家村，鄰近海域海盜橫行。
1902年，大澳警署落成，有六、七名警員駐守。

警署由兩座兩層高建築組成，包括主樓及營房，由位於一樓的橋貫通，是典型紀律部隊及殖民風格建築，全座樓宇附設保安設施。

主樓具有意大利文藝復興外觀，中式瓦頂，飛簷、拱頂陽台，營房展示出「工藝美術」建築風格。

大澳漁民以後艙特別大的大尾艇作業，捕捉黃花與鰽白為主，漁獲經漁商海鮮艇銷售外地。

大澳漁民經濟改善，開始放棄浮家泛宅式生活，在沙灘上以木支架架起破舊木船，鋪上葵葉和松皮，搭建出高腳桶形的棚屋。

棚屋分為三段，包括：睡房、安放神位的地方、客廳，每間棚屋下面設有小梯伸延到水面，方便直達棚下的小艇。

棚屋之間由以木樁、木板搭成的棧道相連，戶戶相通，設有稱為棚頭的平臺，作為棚屋之間主要通道及居民聚會地方。

三十年代，大澳爆發瘟疫，為姜山觀音廟開山的葉善開居士（東姑)，興建方便所隔離染疫病人，方便所左為女方便院，右為男方便院。

方便所同時是臨時停屍間及善終療養所，旁邊有一間小房，主要安置小孩子，後期亦有嬰兒被拋棄於此。

漁民於端午節將各廟宇神像放在小艇，在水道巡遊，不久瘟疫消退，成為大澳每年一度遊涌傳統習俗。

農曆五月初四早上，大澳三個傳統漁業行會，扒艇行、鮮魚行、合心堂。

划着龍舟、拖着神艇，到大澳四間廟宇接神，先前往楊侯古廟迎神請出楊侯，之後是關帝、天后、洪聖，接返各行會供奉祭祀。

翌日端午節正日進行遊神活動，龍舟拖着載有神像的神艇巡遊各水道，沿途施化金銀衣紙，超渡水中亡魂，以保日後闔境平安，儀式完畢後，當天下午把小神像送返廟宇。

2011年，大澳端午龍舟遊涌，列入國家級非物質文化遺產名錄。
2017年，列入「香港非物質文化遺產代表作名錄」。

四十年代，港府推動漁業機動化，大澳有機動漁船一百一十六艘。

五十年代初期，機動漁船增至一千七百四十七艘，漁獲以黃花魚為主。

1954年開始，黃花魚產量下滑，由10,920擔，降至1958年的402擔。

七十年代，村民單靠捕魚難以維持生計，漁工、鹽工、大澳居民相繼遷往市區謀生。
大澳漁業日漸式微，轉而從事海產加工，售賣花膠、魚肚、鹹魚、蝦膏等土產。

大澳涌將大澳一分為二，居民要赤腳渡過，大澳村民用了一個月時間，合力興建新基大橋連接新基街及吉慶街，是香港罕有開合式木橋。
1979年6月正式啟用，及後交由政府部門協助維修管理。

新基大橋每年只在端午節打開，讓「龍舟遊涌」的龍舟經過。

八十年代，大澳漁船數目只佔全港百分三，區內剩下一所公立學校，大多數青年離開大澳工作或求學。

1993年10月13日，《南華早報》報導，香港仔漁民聲稱捕獲盧亭人魚。

1996年，大涌橋建成，又名橫水渡橋，橋中部為吊橋，可收起供較大型船艇駛過。

1997年，董建華政府，提出清拆棚屋，興建大馬式渡假村，遭居民與輿論反對。

2000年7月2日，大澳棚屋發生四級火災，三涌與沙仔面九十多間棚屋焚毀，政府原則上同意災民可在原處重建棚屋。

同年，大澳文化博物館成立，由非牟利民間團體大澳文化工作室建立，香港首間民間博物館。

2002年，特區政府決定保留棚屋、鹽田。
2005年，大澳船隻碇泊保護區工程完成，為補償興建赤鱲角機場，發展北大嶼山而損失的七公頃紅樹林濕地，大澳近海鹽田重新規劃，成為具休閒功能海濱長廊和紅樹林濕地。
附近相連的舊基圍紅樹林和蘆葦塘，出現各種鷺鳥、牙鷹、招潮蟹、烏頭，中華白海豚成為內灣地區常客。

2007年，港府提出改善大澳工程，包括在遠離大澳市中心，寶珠潭與鹽田建造水都雙橋，讓行人和緊急車輛通過。

大澳景點包括：建於長長海堤上的大澳海濱長廊，連接大澳巴士總站與南涌村，沿途可漫步欣賞紅樹林及沿海美景。

海濱長廊圍着的紅樹林，是鹽田舊址，從前有一條用麻石砌成的大壆「護鹽圍」，鹽田後來荒廢、堤壆失修損毁。

村民發起義工徒手搬石搬泥搶修大壆，人手修補的大壆敵不過颱風巨浪被毁，政府將大壆改成海濱長廊，未能夠保留大壆用麻石建造的本來面貌。

虎山位於大澳西面，海拔僅七十七米，山上建有虎山觀景台，可觀看夕陽日落，觀賞中華白海豚與港珠澳大橋，山上的海豚雕像與紅色山徑圍欄，是虎山特色景點之一。

將軍石屹立在虎山西北部海崖，石身高約十米，面向伶仃洋，體態仿如威風凜凜的大將軍倚石休息。

將軍石腿部有一道天然拱門，經過長年累月風霜海蝕，抗蝕力較弱的陡斜鬆軟砂石已被沖掉。

大澳文物酒店前身為大澳警署，位於大澳石仔埗街渡輪碼頭旁小丘上。
1902年為防範海盜侵襲興建，2002年11月起開始空置。

古物古蹟辦事處確定為二級歷史建築，將大澳警署列入為活化歷史建築項目。

2009年，大澳警署活化成為精品酒店，樓面面積約12,600平方呎，設有九間富有英國殖民地建築地特色套房，一間位於頂層的咖啡座、一間圖書館，一個展示舊大澳警署歷史的展覽場地，包括修復完成的大砲、探照燈、拘留所。

2012年3月27日，大澳文物酒店正式開幕，以社會企業模式經營。
2022年，酒店開業十年，接待逾一百七十萬名本地及海外訪客。

三盞燈茶座是由棚屋改裝的特色茶座，三盞燈是：父母、老師、身邊陪伴你的人，主要招待私人朋友，不招待外來人士。

東京士多位於大澳吉慶街，店前放置七個小矮人及白雪公主雕像，店主盧先生是大澳藝術家。

售賣魚絲、魚鈎等捕魚工具的商店煜發，店主簡煜光生前酷愛書法，八十歲後開始創作，是大澳第一代藝術家。