美北長老會傳教士麥嘉締，1844年6月，在浙江寧波佑聖觀內施醫傳教。
1845年7月26日，創辦崇信義塾。

1867年，崇信義塾遷往杭州，改名為育英義塾。
1897年，開設大學課程，改名育英書院。
1914年，改名為之江大學。

1949年，中華人民共和國成立。
1951年，之江大學校董會在香港成立崇基學院，由香港基督教教會代表創辦。

崇基學院校訓：止於至善。
李應林教授任首任院長（1951年－1954年），是香港首所基督教中文專上學院。

新亞書院校訓：誠明。
前身為亞洲文商學院，1949年由錢穆博士、唐君毅、張丕介興辦，錢穆博士出任第一任院長（1949年－1965年）。

1950年3月，亞洲文商學院改組，易名為新亞書院，錢穆擔任書院院長。
1960年，新亞書院爆發「掛國旗事件」，錢穆在此事後逐漸淡出，1965年離港赴臺。

聯合書院校訓：明德新民。
1956年由廣州及鄰近地區，五所專上學院合併組成，包括：廣僑、光夏、華僑、文化、平正，蔣法賢醫生任首任院長（1957年－1959年）。

1951年，英殖民部教育顧問哈勞博士，到香港考察，認為香港社會以華人為主，應有一所為華人子弟而設的中文大學。

1952年，香港大學認為可加設中文部解決問題。
天主教人士主編的《展望》雜誌，崇基、新亞、聯合，力主設置獨立的中文大學。

1959年6月2日，教育司高詩雅宣布，政府積極援助崇基、新亞、聯合，令三所書院在一種聯合制度上獲致大學地位，三所書院聯合招生，為大學收生作準備。

12月，有傳聯合國斥資，在調景嶺海濱創設「中文大學」。

1961年6月3日，港府委任大學籌備委員會，關祖堯議員任主席。

籌辦大學期間，大學命名引起熱烈討論，社會大眾一直以「中文大學」稱呼。
1962年7月2日，港府最終定命為香港中文大學（簡稱中大）。
12月，港府決定在馬料水崇基山建校，佔地二百四十九英畝，耗資八千萬元。

1963年10月17日，中大正式成立，成為香港第二所大學，是香港唯一採用書院聯邦制辦學的大學。

英國在過去五百年，只允許殖民地有一所高等學院，中大誕生是大英殖民史分水嶺，也是二十世紀亞洲地區「非殖民化」表徵之一。

中大設文學院、理學院、社會科學院。
港督柏立基在成立典禮致辭，強調中大授課語言以中文為主。
不過，中大絕大部分學科都以英語授課。

中大四名創辦人，包括：新亞書院校長錢穆、中文大學校長李卓敏、崇基學院校長容啟東、聯合書院校長鄭棟材。

中大出現於官方典禮的大學權杖，杖身是紅木，長三呎，杖頂上有一隻鍍金的鳳，由一圓球及圓輪拱托，儀杖有金蓮花托。
大學儀杖由英屬香港教育司署代高級教育官顧里夫設計，英國卡根基行負責製作。

1964年，中大訂定校訓「博文約禮」，舉行第一任校長就職及頒授榮譽學位典禮，頒授第一屆學士學位。
1966年，中大開辦香港首間研究院。

中大成立後，中文仍未成為法定語文，1968年，專上學生掀起「中文運動」。
（1974年，政府立法通過，中文與英文享有同等法律地位。）

1969年，大學首座建築物范克廉樓落成，大學本部辦事處遷入沙田校園現址，成立中國文化研究所，頒授第一屆碩士學位。

中大成立時，崇基、新亞、聯合各自有學生會。
1971年，中大學生會成立，經常就學校政策對校方和政府表達意見。

1971年12月，聯合書院遷入中大沙田校園。
1973年，新亞書院遷入中大沙田校園。
1974年，大學入口豎起石闕四擎，社會科學院成立，成為中大第四所學術學院。

1976年，立法局通過中大改制方案，各書院只負責學生福利等工作，其餘權力悉數移交大學中央。
新亞書院校董會九名成員，錢穆、唐君毅、李祖法、沈亦珍、吳俊升、徐季良、劉漢棟、任國榮、郭正達，以此違反中大「聯邦制」本意，集體辭職抗議。

1988年，教育統籌委員會《第三號報告書》，建議中大學制由四年制改為三年制，引起中大學生抗議。
翌年，行政局通過「四改三」建議。

1991年，中大實施「彈性學分制」，中七入學的學生，三年內豁免修讀二十四學分，即只須讀九十九學分即可畢業。

1995年，香港國際互聯網交換中心於中大成立，成為香港互聯網訊息的核心。

中大校園面積137.3公頃，範圍橫跨沙田區及大埔區（39區部分屬於大埔區），是香港各所大學中佔地最大，同時是香港面積第三大單一地段，僅次於香港國際機場的1,255公頃，愉景灣的649公頃，是唯一具有專屬港鐵站直達的大學。（香港大學站並非香港大學專屬)

中大依山而建，徒步往返「山城」較為不便，校內設有穿梭校巴和穿梭小型校巴。

因應「三三四」教育改革，2006年4月，中大成立新書院，迎接2012年實施的大學四年制。

中大現有九所成員書院，包括：創校的崇基書院、新亞書院、聯合書院。
1986年創立的逸夫書院。
2006至2007年新增的晨興書院、善衡書院、敬文書院、伍宜孫書院、和聲書院。

九所書院共有三十幢宿舍，連同醫學院提供的宿位與六幢研究生宿舍，提供逾八千四百個宿位，可容超過一半學生。

2014年9月22日，一萬三千人齊集中大百萬大道，出席大專罷課啟動集會，為香港史上最大規模大專學生罷課。

2019年，中大學生以大專學界代表身份，參與反對逃犯條例修訂運動。
6月，中大學生會撥出一百零三萬元，成立「反送中」基金，支援民主運動。

網民在Google Map中，標示中大為「香港暴徒中文大學」。
「暴大」一詞開始被學生和網民廣泛使用，成為中大其中一個別名。

11月，香港三罷行動，中大學生與警察在校園發生激烈衝突，成為反對逃犯條例修訂運動重大事件。
11月11日，五名中大學生被警方拘捕，警察與學生隨後各自在二號橋附近對峙。
翌日，再有五名中大學生被捕，事件被稱為「中大保衛戰」。

2020年11月19日，「中大保衛戰」一周年。
約二百十一人，高唱《願榮光歸香港》，由中大民主女神像步行至百萬大道集會。
八人涉及非法集結，被警方拘捕，其中三名非中大學生被指涉嫌煽動分裂國家。

2021年1月25日晚上八時五十分，警員搜查中大宿舍，多人先後被捕。
2月25日晚上，中大校方發出「嚴正聲明」，指稱新一屆學生會內閣政綱，涉嫌違反《港區國安法》，變相廢除學生會。

10月7日，中大學生會於Facebook專頁宣布，考量學生最大利益下，決定解散學生會。

中大學生會經常就學校及政府政策表達意見。
1977年「反四改三運動」。
1989年，聲援北京學生運動，設中國民運基金。
2004年「殺系事件」。
2005年「哭中大事件」。
2006年「保樹立人」。

藝術家陳維明，2009年仿照1989年天安門廣場上的民主女神像，以銅製作高6.4米「新民主女神像」，連同陳維明的「六四浮雕」運抵香港展出。

2010年六四晚會過後，「新民主女神像」豎立於大學火車站對出廣場，中大校方以大學堅守政治中立原則拒絕安放。

2021年12月24日，中大移走「新民主女神像」，發表聲明指出，從未准許雕像於校園展示。

2022至2023年新學年，中大新增必修科「認識今日中國」，課程涉及國安法、基本法教育。

中大有不少都市傳說。

1955年，港府撥地崇基書院興建校舍，崇基第二任院長凌道揚是耶魯大學林學碩士，指定要馬料水（長瀝尾），原因是：「面對馬鞍山、俯臨吐露港，樂山樂水，正是一個理想的息遊潛修之所，校舍建於山谷之中，青翠環抱，猶如坐在一張安樂椅之上。」

港督葛量洪撥地約十英畝給崇基書院，凌道揚要求再「租借」三十英畝，政府其後租了三百英畝給崇基，這三百多英畝土地被稱為崇基山。

馬料水是姓溫的單姓客家村，馬料水村村長溫應光指出，馬料水村位處九肚山的山陰，即山的北面，九肚山山體遮擋太陽，每日下午三四時已「不見天日」。

馬料水村山陽（南方）的火車隧道，形似一口「巨大棺材」，破壞村落風水，村內缺乏陽氣、累積陰氣，不利村內人事。

馬料水村有「男丁不過七」傳言，成年男性不會超過七人，家庭不會超過七戶，超過的遇上病故、意外、搬遷的種種不可抗力。

1962年，港府有意在崇基山開設中大，湊巧馬料水村五十年沒添男丁，凌道揚藉村民「男丁不過七」傳言，向政府提出以雙倍面積交換村民土地，找來風水先生，幫助村民找到風水寶地，將整村連同祖墳遷至粉嶺的「馬料水新村」。

1955年至1959年間，溫漢璋入讀崇基，搬進男生宿舍，男宿生無故相繼集體發冷，有宿生突然暈倒，需要送院。

崇基化學系馮肇端博士着手調查，發現學校水源上游長滿車前草，植物種子車前子隨水流漂到下游，車前子性寒，師生飲用後導致集體發冷，馮肇端認為「男丁不過七」由車前子導致。

2004年《中大學生報》出版名為《中大四十年》特輯，特輯上冊的《鬼故》，記錄中大校園靈異事件，其中流傳最廣的是「辮子姑娘」。

1967年元旦，馬料水火車站正式易名為大學站。
一名梳辮子的女紅衛兵，被其他紅衛兵追殺，由內地偷渡來香港，在香港羅湖站藏在火車底，火車到達大學站，少女支持不住掉落路軌，辮子捲進火車的車輪，無法掙脫。

火車重新開動，高速轉動的車輪，把少女的辮子、頭皮及面皮一併扯掉。
少女身受重傷，走到現時嶺南運動場與未圓湖之間的哲徑，傷重不支跌落水中死亡。

哲徑晚上出現穿白衣、梳長辮，沒有五官少女，哀求遇到的人，替她找回辮子及面皮，哲徑被稱為「一條辮路」。

中大成立後，校董會按大學條例，經校長代表向倫敦的英國紋章院申請授予紋章。
1967年，英國紋章院授予中大紋章，是香港第一所正式獲得完整紋章的大學。（香港大學於1984年才有完整紋章）

紋章中包括盾形「雙色回頭鳳」校徽，雙色訂為金、紫兩色，兩旁添加青色護盾獸麒麟，有傳設計是冥冥中「超渡」辮子姑娘。

另一個都市傳說是《牛尾湯》。
1982年，李卓敏醫學大樓基本落成，一對情侶分住醫學院學生宿舍同單位上下層。

考試期間，女生用湯壺盛「牛尾湯」，每晚在上層窗口吊下給男友喝。

考試過後，男生找女友外出散心，發現女友在考試前已因病死亡，男生回到宿舍，又有湯壺從上面吊下來……

1986年，台灣雕塑家朱銘的「太極系列」，最後一個大系列「拱門」首件正式作品，表達兩種失衡狀態，互補成為穩定形狀，經由司徒惠贈送給中大，放於大學圖書館正門前。
1987年12月3日揭幕，學生常在「拱門」前集會，俗稱烽火台。

中大學生傳言，向大學圖書館方向，穿過「拱門」會得到一級榮譽畢業，向科學館方向穿過「拱門」就不能畢業，有說穿過「拱門」，會導致被敕令退學或畢業前意外身亡。

2006年，朱銘到中大翻新雕塑時聽聞這個傳說，將「拱門」命名為「仲門」，意即智慧之門。