香港沒有大型湖泊、河流等水資源，食水來源主要來自山澗、溪流、水井、地下水。

香港開埠後，人口急速膨脹，政府鼓勵英資集團參與公共事業，電車公司、電力公司、煤氣公司相繼成立，唯獨食水供應無人問津。
私人集團認為香港島面積小，資源短缺，提供食水投資大，回報不太明朗。

1859年，政府自行研究開拓水源，懸賞一千英鎊尋求解決食水方法。

1860年，英國皇家工程部文員羅寧建議，在薄扶林谷地興建一個三千萬加侖儲水庫，儲存雨水供居民飲用，港督羅便臣採納建議，供水計劃專責委員會多次修訂後，儲水量只有二百萬加侖。
1863年，香港第一個水塘，薄扶林水塘落成。
1877年，薄扶林水塘擴建，儲水量增加至六千八百萬加侖。

二戰後，大量移民湧入香港，人口由1931年約八十四萬人，增至1961年逾三百一十萬人，各種民生設施包括住屋、食水等都供不應求。

1963年至1964年嚴重水荒時期，香港需要每四天供水一次。
港府除興建船灣淡水湖外，港督柏立基以「香港當局」名義，按商業交易模式，向內地購買東江食水，每千加侖人民幣一毫。
1965年3月1日，東江水正式供港。

文革期間，英國首相哈羅德‧威爾遜，高度關注香港供水處境，港督戴麟趾隨即計劃在西貢興建大型水庫。

1968年，儲水量龐大的船灣淡水湖建成，面對人口增長迅速，不足應付食水需求。

1969年，位於西貢區的水庫工程計劃展開，水庫原址為官門（又稱官門海峽或官門水道），與船灣淡水湖同屬在海中興建的水庫，工程包括在官門兩端築起東、西兩條主要堤壩，連接西貢半島及香港第三大島糧船灣洲，是香港最後興建的水塘。

東壩面向南海，長1,593呎，高348呎，西壩面對牛尾海及糧船灣海，長2,470呎，高333呎。

為對抗外海海浪侵蝕，東西兩條主壩都以主副壩形式建立，主壩攔蓄淡水，副壩（弱波堤）對抗海浪侵蝕，主壩和副壩間由緩衝區隔開。

東壩防波堤以超過二千五百個雙T形，混凝土預制構件組成，直接面向外海，西壩位於內海灣內，侵蝕遠較東壩為少，未設置混凝土防波堤，以流紋岩石塊堆成副堤。

除主壩外，糧船灣洲、西貢半島，建有三條規模較小的副壩，以此封閉相鄰山谷，防止水庫滿溢。

1971年，水庫動工，興建於白堊紀形成的火成流紋岩地形上，費用預算為七億五千萬元，較船灣淡水湖高出一億五千萬元，儲水量預算可達五百至七百五十億加侖。

爛泥灣村（後改名萬宜村），村民於清朝乾隆年間來香港定居，大王伯公（土地公)是村落守護神，有五十多戶人家，住有約四百名客家人，是當地最大鄉村，以農業和漁業維生。

水庫建造過程淹沒不少村落，包括：爛泥灣、李屋、周屋、蒂屋、沙咀等村。

政府為安置居民，於西貢天后廟前填海，興建房屋容納受影響村民，西貢墟居民認為影響風水反對，政府承諾填海時會於天后廟前保留一條風水線，確保西貢天后廟可以直望出海。

興建東壩時，海床發掘出不少陶瓷，考古專家發現明朝古船組件，政府停工讓考古工作進行。

1977年，考古專家完成發掘，發現東南亞交易用的波斯製造玻璃珠，證明明朝經香港南下往東南亞貿易的歷史，是香港大型古代陶器出土重要遺址。

1978年11月底，水庫完工，耗資13.5億元，面積約6.67平方公里，是香港儲水量最大水庫，水庫容量為二億八千一百萬立方米，香港存水量增至五億八千六百萬立方米，是全球首個以大壩圍封海岸建成的大型水庫。

水庫原稱糧船灣淡水湖，為免與船灣淡水湖混淆，改以水庫範圍內萬宜村命名，定名為萬宜水庫，英文名稱維持糧船灣（High Island）。

東壩上路旁，豎立一個巨型藍色弱波石紀念興建水庫時犧牲的五名工程人員。

萬宜水庫破壞西貢本來的水文分布，引走地下水，西貢不少村落變得無水可耕，受影響村落由於不是處於萬宜水庫工程附近，他們都得不到政府賠償。

村民生計被斷，被逼放棄本來的農耕生活，不少村民往市區找工作，甚至出洋謀生。

糧船灣一帶漁民原可通過官門海峽直航至西貢，萬宜水庫建成後，糧船灣一帶漁民就被逼遷移，由於他們不是村民，亦不是原居民，得不到住屋補償，生活十分艱苦，經過多年爭取，最終才獲得政府安排住屋。

1975年，越南戰爭結束後，出走國外的越南人不斷攀升。

長春號貨輪載着三千七百餘名越南難民抵港，適逢英女皇訪港，全數難民獲得香港收容，香港成為「第一收容港」，承受源源不絕的越南船民。

1988年，港英政府實施船民甄別政策，在萬宜水庫西壩興建萬宜羈留中心，由長型鐵皮營房組成，羈留約七千名越南船民。

1989年6月底，西貢區議會一致通過動議，反對港府在萬宜水庫西壩興建羈留中心，翌月發表聲明，對政府堅持興建羈留中心一事感到遺憾。

1989年10月31日，萬宜羈留中心啟用，由警務處興建及管理，接收第一批船民。
1991年9月19日，港府推出有秩序遣返行動，萬宜羈留中心正式移交懲教署。

1995年年初一，萬宜羈留中心發生大型騷亂。
1996年6月11日，兩百名船民逃出萬宜羈留中心。

1998年5月26日，萬宜羈留中心關閉，餘下三十二名居住於萬宜中心的越南人，被遷移至其他懲教機構，政府每年節省六千萬元。

2002年4月，萬宜羈留中心正式拆卸，改為創興水上活動中心，整個中心陸地連同人工湖面積達十八萬平方米，陸地面積二萬三千平方米，由康文處管理，提供營舍、露營場地、燒烤、水上活動等。

創興水上活動中心，其後「割出」一千二百平方米地皮，給太空館興建天文公園。

2010年年初，天文公園啟用，內有可觀看模擬星空的圓形涼亭，八件中國古代天文儀複製品。

2006年，香港電台攝製隊獲水務署破例准許，潛入萬宜水庫水底，拍攝《獅子山下：水中的故鄉》特輯，沉沒在水底四十多年的客家村首次「曝光」，在「似水流年」背景音樂襯托下，斷垣殘壁、石柱陶瓦、籮筐鐵犁，大片竹林，漸次呈現在電視觀眾眼前。

2011年，漁護署成立牛隻管理隊，採用絕育及遷移等方法控制數目，將部份牛隻遷移至萬宜水庫西壩，西貢牛關注組批評，西壩草地貧瘠，嚴重影響牛隻健康，促取消牛隻遷移政策。

2016年，漁護署興建一條木橋，讓遊人可直接走到萬宜水庫東壩海蝕洞口遊覽。

萬宜水庫位於麥理浩徑第一段，2011年獲聯合國教科文組織列入世界地質公園，成為熱門郊遊勝地。

西貢萬宜路屬水塘禁區，禁止自行駕車進入旅遊人士只能依靠的士或徒步前往，下午至晚上回程時，不時出現旅遊人士等候的士，大排長龍場面，同時衍生濫收車資問題。

2018年1月，運輸署建議新界區專線小巴9號線，逢星期日及公眾假期下午時段，以試驗性質提供來往北潭涌至萬宜水庫東壩，途經大網仔路及西貢的輔助路線，以兩部專線小巴行走，舒緩萬宜水庫一帶交通不足問題，遏止「黑的」劏客。

2018年6月，Facebook專頁「山野龍咁威」，說有市民報料：「呢班神人到萬宜水庫享受暢泳之樂！」，附上多張照片，包括一名中年女子落水庫游泳，其他照片是一行多人在萬宜水庫的行山照。

水務署指出，水塘為水務設施，任何人進入構成水務設施部份，水中或在其中浸洗或沖洗，即屬犯罪，一經循簡易程式定罪，最高可處罰款五萬元及監禁兩年。

2022年3月，西貢萬宜水庫東壩、破邊洲、萬柱海岸一帶，連日夜間出現「藍眼淚」現象。

「藍眼淚」是甲藻（夜光藻），體內數以千計球狀胞器，具有螢光素（螢光素酶），受到周圍環境變化，發出螢光形成「藍眼淚」。

專家指出，過多夜光藻會導致紅潮出現，造成海洋生物死亡及污染海洋環境。

萬宜水庫

於火山探知館報名參加東壩半日遊，設「來回程」服務，詳情可向火山探知館查詢，電話：2394 1538。

乘搭巴士
乘坐西貢市中心開出的94號巴士，或在鑽石山港鐵站搭96R巴士（96R僅在周末及公共假期行駛），經過北潭涌後下車，沿大網仔路前行至岔路口，靠右沿西貢萬宜路繼續步行約九公里。

乘搭的士
西貢市中心或北潭涌乘坐的士，到達萬宜水庫東壩地質步道。

乘搭專線小巴
去程：北潭涌乘坐新界專線小巴9A號線，由北潭涌前往萬宜水庫東壩。

服務時間：上午九時半至下午六時四十分 (星期日及公眾假期服務)
班次：約隔二十分鐘一班
收費：$11.3

回程：萬宜水庫東壩，乘坐新界專線小巴9A號線返回北潭涌。

服務時間：上午十時至下午七時(星期日及公眾假期服務)
班次：約隔二十分鐘一班
收費：$11.3

備註：小巴服務會因應天氣情況調整，請留意專線小巴Facebook通告。