2003年，航海業巨擘董浩雲之子，行政長官董建華發起興建香港海事博物館。

2003年12月17日，香港海事博物館信託基金會，根據稅務條例第88條成立，是一個認可公共性質慈善機構，得到八十二個團體或個人捐獻，籌得首五年營運開支。

選址在赤柱美利樓，租約於2010年8月31日屆滿。

2005年9月8日，香港海事博物館在赤柱美利樓開放，總面積六百五十平方米，其中四百二十七平方米為展覽廳，分古代及現代兩座展覽館，每個展覽廳長23米、寬10.5米，展覽廳館藏有六百五十件，圖書二十本。

博物館位置偏遠，缺乏政府資助，每年虧損達三百五十萬元，博物館舉辦兩次籌募活動，籌得足夠資金營運至2012年年底，但仍存在財政壓力及展館用地等不明朗因素。

中環碼頭位置貼近交易廣場，填海前是卜公碼頭和統一碼頭，其後合稱為港外線碼頭。

受中環及灣仔填海計劃影響，原有港外線碼頭停止服務，所有離島線在1995年遷往中環一至七號碼頭。

2006年11月12日，愛丁堡廣場碼頭，搬遷至位於民光街與民耀街交界，中環七號和八號碼頭，大會堂碼頭遷往中環八號碼頭東翼，2007年4月26日，皇后碼頭被中環九號碼頭取代。

2007年10月，香港海事博物館向政府提交，搬遷至中環八號碼頭及擴建展館建議。

要求政府產業署將中環八號碼頭，一幅面積約二千四百平方米，原來規劃作食肆及茶座用途的地方，批予香港海事博物館作為新址，預計工程計劃總開支為一億零一百五十萬元。

2008年1月11日，立法會民政事務委員會委員，大致支持海事博物館持續發展建議，促請當局積極考慮該項建議。

香港海事博物館估計，中環八號碼頭新博物館，每年營運開支為一千二百萬至一千四百萬元，要求政府在新博物館啟用首五年內，每年提供不多於442.9萬元資助，支持該博物館部分營運開支。

香港政府支持香港海事博物館繼續發展，與博物館討論遷館事宜，博物館以象徵式租金租用中環八號碼頭，政府每年撥款約六百六十萬元，作博物館營運及維修用途。

2010年4月，博物館公布新館設計概念，建議於中環八號碼頭下層甲板，設立海事文化資源中心及辦公室，上層設四座展覽廳，介紹香港港口，中國海事文化、廣州海上貿易等。

公眾觀景層包括禮品店，水上消閒活動展廳，香港渡輪主題展覽，屋頂觀景層設咖啡廳、海圖及領航展覽等。

博物館於新址前空地，裝置紀念海事從業員的海上巨人號船錨作地標。

博物館向城市規劃委員會，遞交改變土地用途申請。

2010年8月13日，城市規劃委員會批准申請，民政事務局其後向立法會成功申請撥款資助。

2009年至2011年，博物館共籌得約九千萬元，成立專項基金，政府向博物館撥款約一億二千萬元作為支援。

2012年，博物館由赤柱搬到中環，新館樓高四層，總面積為四千四百平方米，比赤柱舊址大五倍，有十九間展覽館，其中兩間出租，設有資源中心，咖啡館、禮品店、航海精品廊。

館藏達三千件，來源分別為博物館購入，藏家及海外博物館借展和藏家捐贈，三份一藏品為博物館購入，捐贈品佔全數藏品一半以上，餘下不足一成為借展物品。

借展品及捐贈來源廣泛，包括文物愛好者、船務公司、前海事從業員等。

香港海事博物館館藏類別多樣，除不同年代中西船模型及海圖外，還有中國外銷瓷及銀器，版刻及油畫、航海及氣象儀，大量不同媒體的底片及歷史照片，首版原著書籍及各式文獻等。

2013年2月26日，香港海事博物館在中環開幕，博物館引入不少科技元素，例如將記敘清朝嘉慶年間，無名氏所作的清朝廷掃平海患《靖海全圖》，以高科技數位掃描修化為動態版本，重現清朝水師圍剿海盜事蹟。

當中記敘在大嶼山對出海面與張保仔的大戰，卷軸由二十幅精緻繪圖組成，全長達十八米，《靖海全圖》動態版本分為兩個部份，一個版本是三百六十度，將《靖海全圖》投射於巨型幕牆上，觀眾被影像包圍，恍如置身當年戰場。

另一版本是配合平板電腦，觀眾在《靖海全圖》旁邊展開卷軸不同篇章，隨意縮放圖像觀看。

《廣州十三行洪氏卷軸》是重要購藏，以水粉彩畫於絹本上的巨幅繪畫，91.5厘米高 x 276.5厘米長，以四百五十萬港元購自英國收藏家，由顧國華慈善基金、香港董氏慈善基金會，香港海事博物館信託基金會贊助。

這幅畫主人是亞歷山大·洪，他於1754年被東印度公司僱用，後來提升為廣州辦事處負責人，這畫是1774年從中國返回英國前購買的紀念品。

相信為廣州畫室製作，針對當時歐洲市場，採用西方寫實風景畫手法，以中國傳統手卷裝裱，為中西合璧經典作品，標誌二百五十年前
中國海洋貿易「一口通商」的起始點，以絲綢作畫突顯當時中國絲綢貿易發達。

此外，香港歷史博物館，借出由清朝海關建造的橫瀾燈塔，在香港海事博物館展示。

海事博物館的展品包括：陶瓷：可追溯至十七至十九世紀大航海時代，數目超過三百件。

船舶模型：超過一百件，當中有小巧得可捧於掌心的古老船舶，也有按照1:12比例建成的「耆英」號。

航海儀器：有些是以大氣溫度、濕度和氣壓，觸動組件啟動的簡單裝置，也有以二十一世紀頂尖科技製成的精密儀器。

畫作：有關中國貿易的畫作，堪稱為亞洲北部最優秀。

照片：有十九世紀以蛋白相紙沖曬的商業作品，也有現今流行的電腦化數碼影像。

香港疫情消退後，香港海事博物館有特備展覽，2022年6月24日至10月30日，舉行「香江泛洋奇蹟：1945年以來我們的港口故事」

透過二十五件具標誌性展品，探索香港如何從二次世界大戰後奇蹟崛起，成為世界知名海事樞紐。

香港海事博物館總監肖猷思教授表示︰「這次特備展覽透過揉合藝術與科技，是活化海事歷史知識最佳例子。」

展覽按時序串連戰後香港五段重要時期。包括：浴火重生（1945-1948年）、商貿重啟（1949-1970年）、急速發展（1960年代-1980年代）、貨櫃改變一切（1972年－現今）、遠景。

展覽結合藝術及科技，由屢獲殊榮的電影製作人麥曦茵，執導五部微電影，為觀眾帶來嶄新全方位體驗，學習及交流有關海事歷史及文化遺產知識。

展覽以一枚於跑馬地出土的二戰炸彈揭開序幕，引領觀眾了解戰爭帶來破壞，展示香港如何憑海運業發展和大眾堅毅精神，戰後浴火重生。

展覽集一系列代表香港人集體回憶展品，包括：「香港製造」產品，有關海員、天星小輪、船塢，貨櫃碼頭等文物、私人收藏品、歷史照片，從中展示船運如何密切連繫我們過去，現在與未來日常生活。

精選展品包括：天星小輪於二十世紀採用的舊式收費閘機，一幅描繪世界上最大船隻「海上巨人號」油畫（及後改名為「亞勒維京號」），這艘船隻曾鞏固香港作為船務業中心角色。

一艘於戶外展出的「大飛」（快艇），這艘「大飛」被香港水警充公後，改裝作訓練用途，服役至2020年。

這些展品皆見證香港登上國際海事舞臺過程，展覽壓軸展區着重展望未來，重點探索這座城市的可持續發展，以泳手何詩蓓在2020東京奧運勇奪銀牌作結，展現香港人獨有堅韌生命力。

2020年，香港海事博物館所在的中環八號碼頭，回復碼頭功能，富裕小輪開辦中環至紅磡碼頭。

中環八號碼頭上層區域（西翼），即中環至紅磡碼頭一部份，原屬「碼頭及有關設施」用途。
2022年，城規會接獲申請，要求改劃作食肆及商店及服務行業，涉及總樓面約5,160平方呎，作為商舖、餐飲用途，提供酒、健康產品、中菜及東南亞美食等。

香港海事博物館

開放時間
星期一至星期五：早上九時半至下午五時半
星期六、日及公眾假期：早上十時至下午七時
農曆年初一及農曆年初二：休館

門票
成人：三十元
小童及長者：十五元
學生（持有效中學及大學的學生證）：十五元