寶蓮禪寺面積約1.3平方公里，位於大嶼山昂平高原，海拔高度達七百一十米，是香港境內地勢最高的一所寺院，四面有蓮花山、彌勒山、獅子頭山、木魚峰。

大悅、悅明、頓修三位志同道合禪僧，從江蘇省金山江天禪寺，不畏行腳艱辛，來到香港遊歷。
1906年在大嶼山昂平高原搭建小石屋。
1920年搭「大茅蓬」成為十方道場，開啟本地農禪修行形式。

紀修和尚為廣東省四邑人，在鎮江金山江天寺出家。
1924年，紀修和尚途經「大茅蓬」，「大茅蓬」長老邀請他出任住持。
紀修和尚將「大茅蓬」改名「寶蓮禪寺」，成為寶蓮禪寺第一代方丈，大悅、頓修、悅明成為寶蓮禪寺開山祖師。

當時盛況是「登高一呼，群山響應」，十方雲水僧聞風而至，種山蔬、置法器，寶行一粒同餐。

紀修和尚擴建大木屋為禪堂，每天坐禪跑香，一切清規儀軌，悉依鎮江金山寺規範。

寶蓮禪寺由廣東法師開山，一開始已是廣東系十方叢林，唱讚跟隨肇慶鼎湖山慶雲寺的廣東腔調。

1928年，大圓滿覺（大雄寶殿）落成，大圓滿覺來自「大圓滿覺，應跡西乾，心包太虛，量周沙界」，佛陀是覺行圓滿的覺悟者。

供奉釋迦大佛，迦葉、阿難二尊者金像，由三個三開間形制廳堂並排連接而成，是嶺南地區常見廟宇形制，中央「大圓滿覺」為主殿，左邊「藏經閣」與右邊「金剛窟」，均有二層夾層，分別作藏書與僧舍使用。

寶蓮禪寺舉辦第一次傳戒法會，其後聯同屯門青山寺和觀音山凌雲寺輪流開戒，成為每年佛門大事。

1929年，大圓滿覺後面建五觀齋堂，殿前建韋馱殿、彌勒殿，築大牌坊「妙湛總持」作山門。

筏可和尚1893年11月15日出生，俗姓李，廣東南海西樵人。
1912年在鼎湖慶雲寺依鑑航大師求請剃度出家，法名昌其，字印載，號筏可。
1924年，筏可和尚與大弟子明慧法師南下香港，在青山屯門樨香園附近建一靜室「如是居」，翌年，筏可和尚陞座講經。

1930年，紀修和尚、青山寺顯奇法師，凌雲寺妙參和尚等長老，推舉筏可和尚繼任寶蓮禪寺第二任住持，移交款項僅22.4元港幣，當時寶蓮禪寺有數十常住眾，僧多粥少，維護至為艱難。

筏可和尚帶來法華經，是海外珍本，講完法華經後，按照佛家習慣，建一塔藏經，以存佛法。

筏可和尚在木魚山上建一座塔，將法華經收藏在塔頂內，這個塔名為妙法蓮華經塔，意指內藏法華經，簡稱法華塔。

法華塔旁邊有一塊大石，石向海一面，刻有「天風海濤」四個大字，另一面，刻「轉大法輪」，轉大法輪意思是佛法如一個大輪，旋轉不息，無邊無際。

筏可和尚建法華塔後，在寶蓮禪寺左背另建羅漢塔。

1933年，青山寺顯奇法師圓寂後，由青山寺監院了幻法師和兩序大眾禮請，筏可和尚同時兼任青山寺、寶蓮寺住持。

筏可和尚願力宏大，接任後大事興革。
1935年，於大圓滿覺側建禪堂，每年正月舉行禪七法會。

1936年，寶蓮禪寺再舉行傳戒，與青山寺顯奇老和尚，觀音山淩雲寺妙參和尚，共約三寺輪流傳戒一次。

1937年建地藏殿，為兩層高磚石構造混凝土結構，底層為寶蓮禪寺祖堂，供奉歷代祖師靈骨，二層供奉地藏菩薩銅像（重二百公斤），鑄一千多公斤重銅鐘一口，建立安樂室，作爲紀修和尚冥息之所。

1938年，筏可法師於南洋請回玉佛一尊，供奉於大殿，建指月堂，創辦嶼山佛學院。

潘智遠（智慧法師）三歲喪父，五歲時，跟隨母親及家姐自南海家鄉來港，投靠舅父（寶蓮寺住持筏可），一家三口得以蝸居寺內，當時寺中生活艱難。常常三餐不繼，潘智遠母親在兩年後離世。

1941年12月8日，香港淪陷，大眾多往內地逃難，大嶼山和青山大眾發生缺糧危機，筏可和尚為解決兩山糧食，遠赴廣州灣（今日湛江）講《彌陀經》，化得五千港元匯回兩山購糧。

1942年，東江縱隊港九大隊大嶼山縱隊，進入大嶼山抗日，寶蓮禪寺全力支持抗戰，九歲的智慧法師當過義務通訊員，為游擊隊報告敵軍行動。

1945年，香港光復，各道場戒壇均告停辦，只有寶蓮寺延續三年一屆秋期傳戒法會，是香港最具歷史和規模的傳戒大道場，智慧法師留在寺內放牛、擔水、運柴。

1952年，大圓滿覺後面建如是室，筏可和尚退居一年，由增秀和尚蜇報住持。

1953年筏可和尚復任住持，建華嚴塔，重建指月堂，改五觀堂爲真香閣。

1956年，香港佛教聯合會改爲董事制，筏可和尚任首任董事長，此後修葺愛道堂以供女衆居住院，建成韜光療養食室。

智慧法師出寺謀生，投考警察失敗後，投考電影演員亦未能成功。

1958年，明慧法師編撰《大嶼山誌》，對大嶼山佛教寺院和名勝作全面考察，同時記錄當時的大德居士事蹟和藝文創作。

寶蓮禪寺法緣日廣，求戒僧眾日益增加，1963年，智慧法師依筏可大和尚出家。

參加寶蓮禪寺秋期傳戒僧眾近二百人，寶蓮禪寺大殿只能容納數十人，筏可法師向政府申請，撥出大殿前三萬米花園用地，用作擴建新大雄寶殿。

「政府說，如果屬私人的話，沒辦法撥出，轉為慈善有限公司，可免費送給寶蓮禪寺。」

1964年，寶蓮禪寺正式由十方叢林，轉為慈善有限公司，組織董事會，成為先例。
明慧法師是着重修行的文人，不贊同寶蓮禪寺走向「商業化」，毅然下山。

1965年，筏可大和尚身體不適，智慧法師代其策劃及推動籌建新大雄寶殿。

1966年，筏可大和尚推薦智慧法師，進入寶蓮禪寺董事會，協助籌建新大雄寶殿。

香港史學會執行總監鄧家宙博士說：「明慧法師的弘法方向，是能維持原則、清修、單純，筏可法師着重改善僧人生活。」

「筏可法師晚年時期決定興建大佛，不可能事事親力親為，細節交由沒受過太多教育的智慧法師處理，他未曾參與真實商業社會活動，近年，佛教界不少風波，都跟智慧法師或寶蓮禪寺有關。」

1970年，寶蓮禪寺大雄寶殿落成，為七開間重簷歇山頂，採明清式樣的北京宮殿建築形制。

開光儀式請來行政局非官守議員關祖堯爵士，關祖堯在現場公布即將興建天壇大佛，說期望與台灣彰化大佛，日本鎌倉大佛鼎足而三。

寶蓮禪寺主要建築沿中軸線，坐東北面西南，由山門，韋馱殿，大雄寶殿，萬佛殿，加上兩側對稱的鐘樓、鼓樓，禪堂、齋堂、僧堂，形成序列的院落空間，軸線南側另一組建築為大會堂與祭祀空間。

寶蓮禪寺以一座石材牌坊代表山門功能，牌樓正中匾額橫刻「寶蓮禪寺」四字，牌坊後有一林蔭甬道通向寺門。

進入寶蓮禪寺山門後，是一片紫荊林，大雄寶殿前庭，栽植十株近百年大榕樹。

韋馱殿是寶蓮禪寺主體建築軸線第一幢建築，建築為黃色琉璃瓦歇山頂的三開間結構，前殿供奉彌勒菩薩，背後供奉韋馱菩薩，兩側是四大天王。

韋馱殿與建築後方左右兩邊的鐘鼓樓側殿，均為黃色琉璃瓦歇山頂的三開間結構。

大雄寶殿為七開間面寬三開間縱深大殿，基本上為仿明清北京故宮式樣建築形制，大殿中央三開間供奉釋迦牟尼佛、藥師如來佛、阿彌陀佛，側左右兩間分別為弟子迦葉與阿難，殿內側周邊動線配以壁畫雕刻，堂壁置五百羅漢像。

大殿下方為羅漢堂，也是大雄寶殿基座，供奉觀世音菩薩、文殊菩薩、普賢菩薩。

其他建築包括祖堂、清心殿、般若、如是堂、藏經閣等，寺後花園有舍利塔，內藏紀修和尚真身。

寶蓮池位於韋馱殿左側，中心圓形魚池直徑約6.1米，種滿荷花與睡蓮，圓心有蓮花瓣噴泉。

1972年，筏可大和尚圓寂，董事會公選慧命法師爲第四代住持。

1974年，政府以象徵性地價，將木魚峰全山售與寶蓮禪寺，作爲建造天壇大佛之用。

1982年10月，中國佛教協會送贈大藏經珍本，《龍藏》一部，共7173卷給「寶蓮禪寺」，《龍藏》為清雍正十三年至乾隆三年版本，是清朝最後雕刻製作的大藏經，殊為珍貴。

1992年10月，寶蓮禪寺住持及董事會諸法師，赴斯里蘭卡迎請舍利，由香港佛教聯合會會長覺光法師，敬領兩顆佛陀真身舍利。

《龍藏》、玉佛、舍利，成為寶蓮寺內三項鎮寺寶物，為港人消災解難。

2002年，政府就興建昂坪纜車，計劃收回寶蓮寺門外地壇一帶的土地，改建成酒店、購物廊、食肆，智慧法師以此舉妨礙僧人清修，極力反對，10月25日，宣布封山七日以示抗議。
房屋及規劃地政局局長孫明揚，坐直升機前往調解。

2005年，寶蓮禪寺開山一百周年，公選智慧法師為寶蓮禪寺第七代住持。

2006年年初，寶蓮寺為吸引更多遊客，向政府繳交一千三百萬元地價，耗資二億元將寺內大圓滿覺，藏經閣、供大和尚起居的「如是室」，拆卸重建成一座佔地六千平方米，五層樓高的萬佛寶殿。

2014年6月17日，萬佛寶殿舉行五方佛裝藏儀式。
10月31日，萬佛寶殿落成開光，地面層為建築基座，一層為樓閣式建築主殿，二層為法堂、方丈室，三層為禪堂與四層以挑空天井相連，四層為戒壇與藏經閣。

2015年11月15日，凈因大和尚接任寶蓮寺第八代住持。

智慧法師於2005年起出任住持十年間，寶蓮寺總資產由六億升至2015年的逾十三億元。
2016年，來自齋菜、售賣紀念品、法事儀式，總收入達一億四千萬元。

2019年7月13日，智慧法師功行圓滿，安詳捨報，世壽八十六，僧臘五十六夏，戒臘五十六秋。