1884年，日本細菌學家北里柴三郎，在日本長崎發現引致霍亂的霍亂弧菌。
1890年，北里與他的德籍學生埃米爾，共同研究出破傷風血清，開拓嶄新的血清學領域，北里被稱為「日本細菌學之父」。

1894年3月下旬，廣州爆發「黑死病」疫情，
4月上旬，港英政府派香港國家醫院，勞森醫生到廣州考察。

5月5日，香港出現「黑死病」病例。
5月8日，勞森醫生由廣州回到香港。

5月5日至5月10日，東華醫院錄得五十五宗「黑死病」病例，當中三十八人死亡，死亡率高達七成。

5月10日，《士蔑西報》以頭條報道，香港太平山華人社區出現 「疫症」，以令人聞風色變的「黑死病」作標題。

5月11日，港英政府宣布香港為疫埠，禁止華人出境。

疫症最早在太平山區爆發，勞森建議強行入屋搜索病患者隔離。
在西環招商局碼頭，停泊醫療船 「海之家」專治疫者。
用消毒藥水清洗太平山街，這是俗稱「洗太平地」由來。

政府移走屋內或街上屍體，在摩星嶺和堅尼地城一帶挖掘墓地，在屍體灑上石灰埋葬。

6月5日，日本政府內務省派北里等人，乘坐「里約熱內盧號」，從日本橫濱出發前往香港。
6月12日，北里一行人抵港，入住皇后大道中溫莎酒店，北里受到勞森熱情款待。

三日後，北里發現引發「黑死病」元凶，將疫症名為「淋巴腺炎疫症」。（日後發現此症與老鼠有關，故又名「腺鼠疫」）
北里這天乘坐「維羅納號」輪船，離開香港，返回日本。

來自法國的瑞士裔細菌學家耶爾森，6月15日從法屬印度支那到達香港。
由於沒法從正常途徑取得屍體解剖，耶爾森賄賂兩名看守華人居所的英國士兵，從屍體上取得淋巴結樣本，驗出大量細菌，與北里所描述的細菌截然不同。

6月23日，耶爾森取得港英政府公文，可以正式解剖屍體，終於找到真正的鼠疫桿菌。

「黑死病」爆發四個月，奪去二千五百人性命，之後疫情消退，「黑死病」告一段落。

9月25日，日本內務省衛生局長，致函香港署理輔政司兼華民政務司駱克，感謝協助北里柴三郎在香港調查和研究疫症。

1906年3月15日，港英政府在「黑死病」重災區附近，堅巷二號建立香港細菌學院，是香港第一所專為醫學化驗而設的建築物，包括主樓及動物屋，內有馬槽和職員宿舍。

建築物採用二十世紀初，非常流行的英國愛德華式建築風格。

建築物樓高三層以紅磚砌成，排列整齊的方尖白柱等西式建築風貌，屋頂蓋上傳統中式建築常見的簷瓦，大堂天花裝飾典雅，地板鋪上無釉赤陶地磚，黑色柚木樓梯配上雕花扶手。

建築物四周有寬闊走廊和高大玻璃窗，有助空氣流通，是為適應亞熱帶氣候設計，陽台可減少夏日猛烈陽光照射進室內，達到冬暖夏涼之效。

香港細菌學院收集街上老鼠，監察「黑死病」。
1907年，全港約有六百五十個老鼠箱，掛在煤氣街燈的燈柱上。
4月至9月，香港細菌學院收集一萬九千隻老鼠，當中有二十三隻染有鼠疫。

1894至1923年間，太平山區共發生兩萬一千八百六十七宗鼠疫，死亡人數兩萬零五百人，死亡率高達93.7%。

二次大戰後，香港政府不斷拓展醫療服務，細菌學檢驗所演變為「病理檢驗所」。

1960年，「病理檢驗所」遷往西營盤，部分所址仍用於製造疫苗，另一部分撥予聯合書院作理學院院址。

1961年，香港爆發霍亂，「病理檢驗所」是生產疫苗的主要抗疫中心。

1972年4月，聯合書院理學院遷離，1973年，政府疫苗生產線遷往其他地方，建築物用作存放醫療用品的貨倉。

1990年代，建築物列入法定古蹟，香港病理專科學院提出，將建築物改建為醫學博物館，讓市民加深了解香港醫學歷史及科技發展。

1995年，建築物移交香港醫學博物館學會，學會由一群醫生組成。

1996年3月16日，建築物修葺後，重新開放，命名為「香港醫學博物館」，屬私營博物館，是以中西方病理作比較的博物館之一。

香港醫學博物館佔地一萬平方呎，連地庫共有三層，館內共設十一間各具特色展覽廳，另有太平山觀景廊、圖書室、演講室等。

一樓有觀景廊，東華醫院展覽廳、王國棟展覽廳。

舊病理檢驗室內擺放不少古董醫療用品，例如早期X光機、產科儀器、屍體解剖工具，牙科臨床椅、各種外科手術儀器、麻醉機等，還有昔日醫院使用過的古老銅水煲，量身高體重的磅等，展廳牆上有古老的壁爐。

樓層間設有人力操作的貨物升降機，拉動鋼纜就能將化驗樣本及儀器等運往各樓層。

地下展覽廳介紹雅麗氏何妙齡那打素醫院，香港防癆心臟及胸病協會展覽廳，顧紀筠女士展覽廳、富衛保險展覽廳。

地庫入口樓梯非常窄，緊夠一人走過，除中醫中藥展示房外，還有西醫手術室，地庫內的中藥廳，名為「存安堂」，內有一枝珍貴長白山千年人參。

另一邊有個清裝醫生和一隻大水牛，示範昔日種牛痘的實驗，旁邊有張冷冰冰的手術床。

2003年，香港醫學博物館成立中草藥園，與館內展品相輔相成，草藥堂展示傳統中醫如何提供醫療服務。

香港醫學博物館要自負盈虧，開館後一直虧損，學會宣傳及公關委員會主席歐陽卓倫表示，博物館有約十名員工，加上水電雜費，每年最低支出二、三百萬，資金來源大部份來自一年一度籌款晚宴。

2022年1月7日，因應疫情最新情況，香港醫學博物館暫停開放，直至另行通知。

香港醫學博物館
地址：上環堅巷二號
交通：港鐵港島線上環站