清末民初，中國戰亂頻仍，英治時期的香港，社會相對較為安定，成為亂世百姓心目中的 「天涯淨土」，大批人由內地湧到香港，包括一些佛教僧侶。

南來僧人在杳無人煙的大嶼山，種山蔬、置法器、結茅清修，農禪為生，1920年代，七八十間茅蓬、靜室，相繼在大嶼山出現。

1928年，靄亭法師創辦竹林佛學院，開創以佛學院培養僧才風氣之先。

1930年代，內地掀起第二次「廟產興學」運動，各地大小寺院均遭衝擊，促使不少僧眾由內地南遷，再圖發展。

1932年，慈航淨院開山祖宏願法師圓寂，徒孫瑞融法師協助師父智林法師，繼承遺志繼續擴建佛寺，二戰時期，在日軍威脅下保存道場。

1932年，靄亭法師來香港擔任東蓮覺苑住持，靄亭法師與瑞融法師，日後都成為志蓮淨苑住持。

香港志蓮淨苑位於九龍鑽石山南麓，苑址原名陳七花園別墅，由藍昌源居士擁有。

1934年，藍昌源將陳七花園，捐贈給覺一法師、葦庵法師兩師徒，創辦道場，發展成「女眾十方叢林」，命名為「志蓮淨苑」。

志蓮淨苑是傳統淨土宗寺院，因念佛求生彌陀極樂，故名淨土宗。

1939年，志蓮淨苑首創佛學班，有三名女學生，葦庵法師發心建立一所女眾叢林，開始置備佛像，計劃興建大殿，借得款項，辦理申請土地等手續。

1941年12月8日開始，香港進入為時三年零八個月「日佔時期」，一切宗教活動停頓。
覺一法師、葦庵法師率幾位徒弟留守淨苑，在亂世中艱難度日，苦苦堅守道場。

1943年，葦庵法師因病不幸往生，世壽僅三十八歲。
覺一法師在四天後隨之往生，世壽五十四歲。
志蓮淨苑相繼失去兩位開山祖師，頓時陷入無人主持、空前艱難境地。

1943年5月，志蓮維持委員會成立，決議禮請靄亭法師為志蓮淨苑第二任住持，負責處理苑內外一切事務。

1945年2月，日佔政府強徵志蓮淨苑用地，逼令全部搬走所有佛像、物品，幸有法雲精舍大力相助，借出房屋安奉佛像及莊嚴品等。

1945年8月，日本戰敗投降，靄亭法師辭去志蓮淨苑住持職務，弘智法師繼任。

1947年，志蓮淨苑開始辦學，弘智法師身兼校長及教師之職，1948年，志蓮義學獲教育署批准開辦。

1948年7月18日，志蓮同人大會上，一致通過建立「女眾十方叢林」，實現葦庵法師遺願，是香港唯一的「女眾十方叢林」，為從各地而來的女高僧提供修道場所。

1949年7月，弘智法師任滿，曾受虛雲老和尚傳授佛法的寬慧法師，接替成為志蓮淨苑第四任住持。

1950年，志蓮義學獲教育署批准成為津貼學校。

國共內戰，香港隨即成為避難所，大批內地難民湧入香港，鑽石山地區空曠，難民聚集搭建臨時木屋，志蓮淨苑周邊成為香港主要寮屋區。

1954年，寬慧法師發願倡建安老慈幼院，1957年2月7日落成啟用，由胡文虎夫人胡陳金枝啟鑰開幕。

1961年，志蓮淨苑籌募善款，作為佛教醫院建院基金。

1963年，志蓮淨苑正式註冊為有限公司，成為非牟利慈善機構。

1964年，何耀光居士，為紀念母親慈恩捐建新院舍一座。

1965年11月27日，寬慧法師突以腦溢血圓寂，世壽六十九，僧臘十八（僧尼受戒後的年歲）。

1965年，繼航法師就任志蓮淨苑代住持。

1971年，佛教醫院揭幕。

1978年，慈祥法師獲英女皇頒授M.B.E勳銜，成為香港第一位獲得這項殊榮的出家人。
1979年，慈祥法師擔任志蓮淨苑住持。

1981年9月，董事會決定在慈幼院舊址興建圖書館。
1986年3月8日，志蓮圖書館正式對外開放。

1985年，瑞融法師任志蓮住持。
1989年，志蓮淨苑日久失修極待整繕。
1990年，志蓮淨苑被納入鑽石山重建項目，在附近建市政公園（即現在的南蓮魚池），與佛寺結合成一整體。

1991年，董事會決定籌款重建志蓮淨苑，胡文虎女兒胡仙與建築師簽訂合約，梅豔芳為籌款義演出了很大力量。

重建工程分三期完工：
1994年1月3日，安老院和志蓮中心大樓開幕，
1996年，以僧舍為主的工程完工，
1998年1月6日，志蓮淨苑佛寺重建完成，過去不開放的志蓮淨苑，現開放給公眾參觀。
2000年5月18日，志蓮佛寺正式向公眾開放。

重建後的志蓮淨苑，位於大老山隧道入口旁邊，寺堂以仿唐代原木結構建築，與周邊斧山公園及南蓮園池，結合為大型仿唐建築群，是香港特色建築及景點。

志蓮淨苑以盛唐敦煌莫高窟第172窟北，「觀無量壽經變」圖，作為佛寺設計規劃藍本，「經變」即是把佛經內容「變」成圖畫，甚至「變」為雕塑及尊像。

志蓮淨苑以中軸線為主體布局，呈現對稱、均衡的唐代建築風格，小部份建築手法採日本「和樣」形式。
全幢建築物完全以檜木打造，木構件均以榫接方式，不須使用釘子，是現在世界上最大的手造木構建築群。

寺院依山勢而建，殿堂整體建築布局為「三進三重門一院」，南、東、西邊設三個大門，分別是「山門」、「東門」、「西門」。

「山門」是正門又作「三門」，即三解脫門的意思，象徵明燈，指引眾生走向解脱之道。

山門後是蓮園，東邊有迴游式山水園景，西邊有唐式枯木水庭，中庭有兩個荷花池，一左一右，被稱為「梅池」和「詠池」，由香港藝人譚詠麟及梅豔芳捐建。

山門正中為天王殿，是大門後第一座大殿，用作迎接及引導眾生和守護寺院，位於庭院前方，殿的兩邊有兩座對稱大樓，分別是鐘樓和鼓樓。

天王殿設計參考敦煌壁畫及日本平等院鳳凰堂，面闊五間重檐歇山頂施鎏金鴟尾，供奉的佛菩薩像依據佛經描述，參照盛唐風格，造型、手印、執持法器各異，彰顯諸佛菩薩特有的願力和德行。

殿中供奉天冠彌勒佛、韋陀、四大天王，內有香港少有供奉的虛空藏菩薩。

藥師殿和觀音殿分別位於庭院左右方，藥師殿主要為眾生祝禱消災延壽，觀音殿用作舉行各項宗教儀式。

大雄寶殿位於庭院後方，是最重要殿堂，供奉釋迦牟尼佛、文殊菩薩、普賢菩薩、迦葉尊者、阿難尊者，殿內可舉行各式宗教活動，讓教徒向釋迦牟尼禱告。

地位僅次於大雄寶殿的是七層高萬佛塔，位於寺院東北方，收藏過萬尊佛像，寓意內在精神淨化的境界逐層提升。

同塔位於大雄寶殿西北方，用作供奉寺內僧人圓寂後的骨灰。

建築羣內尚有祖堂、報本堂、唸佛堂、法堂、方丈室、藏經閣。

志蓮淨苑不許參觀者、香客、信徒在寺內燒香、大聲喧譁，也不為人做佛事。
香港藝人梅豔芳的骨灰被供奉在此，志蓮淨苑只為她做過佛事。

為配合古樸設計，不少樹木有數以百年計樹齡，由湖南移植來的兩棵羅漢松，樹齡二千年以上。

2021年8月11日凌晨一時許，志蓮淨苑保安員從閉路電視發現，兩名男子在內堂搬走多個香油錢箱。
大批衝鋒隊警員接報趕至，封閉各出入口，拘捕兩名可疑男子，其中一人跌倒膝頭受傷，被捕兩男報稱四川人，早前偷渡來港。

位於下元嶺的南蓮園池是一座古式園林，面積達三萬五千平方米，山、水、林木和建築布局，均依照唐代園林設計。

南蓮園池是政府以每年一元象徵式費用，委託志蓮淨苑管理、營運和保育公園，志蓮淨苑負責公園設計、監督建造，日常維修工作。

志蓮淨苑佛寺
地址：鑽石山志蓮道五號
開放時間：上午九時至下午四時三十分

南蓮魚池
開放時間：上午七時至下午七時

交通：
港鐵鑽石山站C2出口，依路牌指示，步行約五分鐘。
所有途經港鐵鑽石山站的公共交通工具。